Biomcp

🚀 BioMCP：エージェントベースの生物医学研究開発を強化するモデルコンテキストプロトコルサーバー

BioMCPは、大規模言語モデルのタンパク質構造分析能力を強化するための、Model Context Protocol (MCP)に基づくサーバーです。タンパク質の活性部位分析や、疾患関連タンパク質の検索機能を提供し、既存のタンパク質データベースと接続します。

🚀 クイックスタート

BioMCPを使い始めるには、以下のインストール方法を選択できます。

通过 Smithery 安装

Smithery を通じてClaude Desktop用にBioMCPを自動インストールするには、以下のコマンドを実行します。

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手动安装

手動でインストールするには、以下の手順に従ってください。

# 克隆仓库
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# 安装依赖项
npm install

# 启动服务器
npm start

✨ 主な機能

BioMCPは、以下の主要な機能を提供します。

• 活性部位分析：PDB 識別子 (PDB ID) を使用して、タンパク質の結合部位と機能残基を調べます。
• 疾病相关蛋白搜索：特定の疾患や医学的状態に関連するタンパク質構造を検索します。
• 集成数据访问：RCSB タンパク質データバンク (PDB)[https://www.rcsb.org/] にシームレスに接続します。

🔧 技術詳細

BioMCPは、Model Context Protocolを実装しており、言語モデルが専門的なタンパク質構造知識にアクセスできるようにします。これにより、これらの情報をトレーニングデータに組み込む必要がなくなります。サーバーは、API接続、データフォーマット、エラー処理を処理して、信頼性の高いタンパク質構造の洞察を提供します。

📚 ドキュメント

API 端点

BioMCPは主に2つのツールを公開しています。

1. analyze-active-site：PDB IDを使用して、タンパク質の結合部位の詳細情報を提供します。
2. search-disease-proteins：指定された疾患や医学的状態に関連するタンパク質を返します。

设置说明

运行 MCP 检查器

1. BioMCPサーバーを起動します。

   npm start
   

2. 別のターミナルで、MCPチェッカーをグローバルにインストールします（まだインストールされていない場合）。

   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
   

3. MCPチェッカーを開き、ローカルのBioMCPサーバーに接続します。

   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
   

4. チェッカーのインターフェースを使用してツールをテストし、応答を確認します。

与 Claude Desktop 结合使用

1. BioMCPサーバーをビルドします。

   npm run build
   

2. Claude Desktopを構成して、MCPサーバーを起動します。 a. Claude Desktopのconfig.jsonファイルを見つけます（通常はユーザーディレクトリにあります）。 b. config.jsonを編集して、BioMCPサーバーのビルドパスを含めます。以下は例の設定です。

   {
     "globalShortcut": "",
     "mcpServers": {
       "bio-mcp": {
         "command": "node",
         "args": [
           "/path/to/your/build/index.js"
         ]
       }
     }
   }
   

3. インストールが完了したら、Claude Desktopを再起動します。

その他の情報

• プロジェクトリポジトリ：https://github.com/acashmoney/bio-mcp
• ドキュメント：https://github.com/acashmoney/bio-mcp/blob/main/README.md

プロジェクト目標

• エージェントベースの生物医学研究パイプラインを導入する。
• タンパク質可視化ツールを備えたクライアントを開発する。