Biomcp

🚀 BioMCP：增强基于智能体的生物医学研发的模型上下文协议服务器

BioMCP 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的服务器，可增强大型语言模型的蛋白质结构分析能力。它能分析蛋白质活性部位、搜索疾病相关蛋白质，还能与现有蛋白质数据库接口连接，为生物医学研发提供有力支持。

🚀 快速开始

你可以选择通过 Smithery 自动安装，也可以手动安装 BioMCP。

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 自动安装 BioMCP 用于 Claude Desktop，可使用以下命令：

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手动安装

# 克隆仓库
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# 安装依赖项
npm install

# 启动服务器
npm start

✨ 主要特性

• 活性部位分析：使用 PDB 标识符 (PDB ID) 检查蛋白质的结合位点和功能残基。
• 疾病相关蛋白搜索：查找与特定疾病或医学状况相关的蛋白质结构。
• 集成数据访问：无缝连接到 RCSB 蛋白质数据银行 (PDB)[https://www.rcsb.org/]。

🔧 技术细节

BioMCP 实现了 Model Context Protocol，使语言模型能够访问专业的蛋白质结构知识，而无需将这些信息纳入其训练数据中。该服务器处理 API 连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构见解。

📚 详细文档

API 端点

BioMCP 主要暴露两个工具：

1. analyze-active-site：使用 PDB ID 提供蛋白质结合位点的详细信息。
2. search-disease-proteins：返回与指定疾病或医学状况相关的蛋白质。

设置说明

运行 MCP 检查器

1. 启动 BioMCP 服务器：

   npm start
   

2. 在单独的终端中，全局安装 MCP 检查器（如果尚未安装）：

   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
   

3. 打开 MCP 检查器并连接到本地 BioMCP 服务器：

   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
   

4. 使用检查器界面测试工具并查看响应。

与 Claude Desktop 结合使用

1. 构建 BioMCP 服务器：

   npm run build
   

2. 配置 Claude Desktop 启动 MCP 服务器：

   • 找到您的 Claude Desktop config.json 文件（通常位于用户目录中）。
   • 编辑 config.json 以包含 BioMCP 服务器构建路径。示例配置：

   {
     "globalShortcut": "",
     "mcpServers": {
       "bio-mcp": {
         "command": "node",
         "args": [
           "/path/to/your/build/index.js"
         ]
       }
     }
   }
   

3. 安装完成后重启 Claude Desktop。

其他说明

• 项目仓库地址：https://github.com/acashmoney/bio-mcp
• 文档地址：https://github.com/acashmoney/bio-mcp/blob/main/README.md

项目目标

• 引入基于智能体的生物医学研究流水线。
• 开发具有蛋白质可视化工具的客户机。