Biomcp

🚀 BioMCP：增強基於智能體的生物醫學研發的模型上下文協議服務器

BioMCP 是一個基於 Model Context Protocol (MCP) 的服務器，可增強大型語言模型的蛋白質結構分析能力。它能分析蛋白質活性部位、搜索疾病相關蛋白質，還能與現有蛋白質數據庫接口連接，為生物醫學研發提供有力支持。

🚀 快速開始

你可以選擇通過 Smithery 自動安裝，也可以手動安裝 BioMCP。

通過 Smithery 安裝

要通過 Smithery 自動安裝 BioMCP 用於 Claude Desktop，可使用以下命令：

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手動安裝

# 克隆倉庫
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# 安裝依賴項
npm install

# 啟動服務器
npm start

✨ 主要特性

• 活性部位分析：使用 PDB 標識符 (PDB ID) 檢查蛋白質的結合位點和功能殘基。
• 疾病相關蛋白搜索：查找與特定疾病或醫學狀況相關的蛋白質結構。
• 集成數據訪問：無縫連接到 RCSB 蛋白質數據銀行 (PDB)[https://www.rcsb.org/]。

🔧 技術細節

BioMCP 實現了 Model Context Protocol，使語言模型能夠訪問專業的蛋白質結構知識，而無需將這些信息納入其訓練數據中。該服務器處理 API 連接、數據格式化和錯誤處理，以提供可靠的蛋白質結構見解。

📚 詳細文檔

API 端點

BioMCP 主要暴露兩個工具：

1. analyze-active-site：使用 PDB ID 提供蛋白質結合位點的詳細信息。
2. search-disease-proteins：返回與指定疾病或醫學狀況相關的蛋白質。

設置說明

運行 MCP 檢查器

1. 啟動 BioMCP 服務器：

   npm start
   

2. 在單獨的終端中，全局安裝 MCP 檢查器（如果尚未安裝）：

   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
   

3. 打開 MCP 檢查器並連接到本地 BioMCP 服務器：

   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
   

4. 使用檢查器界面測試工具並查看響應。

與 Claude Desktop 結合使用

1. 構建 BioMCP 服務器：

   npm run build
   

2. 配置 Claude Desktop 啟動 MCP 服務器：

   • 找到您的 Claude Desktop config.json 文件（通常位於用戶目錄中）。
   • 編輯 config.json 以包含 BioMCP 服務器構建路徑。示例配置：

   {
     "globalShortcut": "",
     "mcpServers": {
       "bio-mcp": {
         "command": "node",
         "args": [
           "/path/to/your/build/index.js"
         ]
       }
     }
   }
   

3. 安裝完成後重啟 Claude Desktop。

其他說明

• 項目倉庫地址：https://github.com/acashmoney/bio-mcp
• 文檔地址：https://github.com/acashmoney/bio-mcp/blob/main/README.md

項目目標

• 引入基於智能體的生物醫學研究流水線。
• 開發具有蛋白質可視化工具的客戶機。