Scmcp

🚀 SCMCP

SCMCPは、単一細胞RNAシーケンシング（scRNA-Seq）分析用の多言語計算プラットフォーム（MCP）サーバーで、自然言語処理もサポートしています！

🚀 クイックスタート

インストール

PyPIを通じてインストールすることができます：

pip install scmcp

以下のコマンドを実行してテストすることができます：

scmcp run

ローカルでscnapy-serverを実行する

MCPクライアントでは、以下の設定を参考にしてください：

"mcpServers": {
  "scmcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

リモートでscnapy-serverを実行する

サーバー上で以下の設定を参考に実行します：

scmcp run --transport sse --port 8000

その後、MCPクライアントで以下のように設定します：

http://localhost:8000/sse

✨ 主な機能

• 入出力モジュール：自然言語を使用してscRNA-Seqデータの読み取りと書き込みを行います。
• 前処理モジュール：フィルタリング、品質管理、正規化、スケーリング、高可変遺伝子の選択、主成分分析（PCA）、近傍計算などの機能が含まれています。
• ツールモジュール：クラスタリング分析、差次的発現分析などがあります。
• 描画モジュール：バイオリンプロット、ヒートマップ、ドットプロットなどの可視化結果を生成します。
• 細胞間通信分析：細胞間の相互作用を研究します。

❓ 対象ユーザー

• 自然言語を使用してscRNA-Seq分析を行いたいすべての研究者
• scanpy関数を呼び出してアプリケーションサービスを提供したい開発者

🌐 使用シーン

SCMCPは、MCPをサポートするほとんどのAIクライアント、プラグイン、またはエージェントフレームワークで使用することができます：

• AIクライアント（例：Cherry Studio）
• プラグイン（例：Cline）
• エージェントフレームワーク（例：Agno）

🎬 デモ

AIクライアントCherry Studioで自然言語を使用してscRNA-Seq細胞クラスタリング分析を行うデモビデオです： https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🤝 貢献と連絡

何か質問があれば、問題を提出するか、hsh-me@outlook.comまでご連絡ください。また、コードへの貢献も歓迎します！