Scmcp

🚀 SCMCP

SCMCP是一個用於單細胞RNA測序（scRNA-Seq）分析的多語言計算平臺（MCP）服務器，並且支持自然語言處理。它能幫助研究者更便捷地進行scRNA-Seq分析，為單細胞研究領域帶來新的便利。

🚀 快速開始

SCMCP可以在支持MCP的大多數AI客戶端、插件或代理框架中使用，以下為您介紹具體的使用步驟。

安裝

通過PyPI安裝SCMCP：

pip install scmcp

安裝完成後，您可以通過運行以下命令進行測試：

scmcp run

本地運行scnapy-server

在您的MCP客戶端中參考以下配置：

"mcpServers": {
  "scmcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

遠程運行scnapy-server

在服務器上參考以下配置運行：

scmcp run --transport sse --port 8000

然後在您的MCP客戶端中進行如下配置：

http://localhost:8000/sse

✨ 主要特性

• 輸入輸出模塊：使用自然語言讀取和寫入scRNA-Seq數據，讓數據的輸入輸出更加便捷。
• 預處理模塊：涵蓋過濾、質量控制、歸一化、縮放、高可變基因篩選、主成分分析（PCA）、鄰居計算等功能，為後續分析提供高質量的數據。
• 工具模塊：提供聚類分析、差異表達分析等工具，滿足不同的分析需求。
• 繪圖模塊：能夠生成小提琴圖、熱圖、點圖等可視化結果，直觀展示分析數據。
• 細胞間通信分析：可用於研究細胞間的相互作用，挖掘細胞之間的關係。

❓ 適用人群

• 所有希望使用自然語言進行scRNA-Seq分析的研究者，可藉助SCMCP的自然語言處理能力，更輕鬆地開展研究。
• 開發人員，希望通過調用scanpy函數為其應用服務，SCMCP提供了相應的支持。

🌐 使用場景

您可以在以下支持MCP的環境中使用SCMCP：

• AI客戶端，如Cherry Studio。
• 插件，如Cline。
• 代理框架，如Agno。

🎬 演示

這裡有一個在AI客戶端Cherry Studio中使用自然語言進行scRNA-Seq細胞聚類分析的演示視頻： 演示視頻鏈接

🤝 貢獻與聯繫

如果您在使用過程中有任何問題，歡迎提交問題或通過hsh-me@outlook.com聯繫我們。我們也非常歡迎您為代碼貢獻自己的力量！