Pymol MCP

🚀 PyMOL-MCP：PyMOLとClaude AIの統合

PyMOL-MCPは、Model Context Protocol (MCP) を通じてPyMOLをClaude AIに接続し、Claudeが直接PyMOLを制御および操作できるようにします。この強力な統合により、自然言語を通じた構造生物学、分子可視化、および分析が可能になります。

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✨ 主な機能

• 双方向通信：ソケットベースのサーバーを介してClaude AIをPyMOLに接続します。
• 智能コマンド解析：自然言語処理を使用してPyMOLコマンドを解析します。
• 分子可視化制御：表現、色、およびビューを操作します。
• 構造解析：測定、アラインメント、およびその他の解析を実行します。
• コード実行：ClaudeからPyMOLで任意のPythonコードを実行します。

📦 インストール

前提条件

• システムにPyMOLがインストールされていること
• Claude for Desktop
• Python 3.10以上
• Git

ステップ1：UVパッケージマネージャーのインストール

macOSの場合：

brew install uv

Windowsの場合：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

その他のプラットフォームの場合は、UVインストールガイドを参照してください。

ステップ2：リポジトリのクローン

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

ステップ3：環境の設定

Python仮想環境を作成してアクティブ化します。

python -m venv venv

macOS/Linuxの場合：

source venv/bin/activate

Windowsの場合：

venv\Scripts\activate

ステップ4：依存関係のインストール

仮想環境をアクティブ化した後、以下のコマンドを実行します。

pip install mcp

ステップ5：Claude Desktopの設定

1. Claude Desktopを開きます。
2. Claude > 設定 > 開発者 > 設定の編集に移動します。
3. claude_desktop_config.jsonファイルが開きます。
4. MCPサーバーの設定を追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[あなたのシステムの実際の完全パス]",
      "args": ["[PyMOL_MCP_Server.pyの実際の完全パス]"]
    }
  }
}

例：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

⚠️ 重要提示

あなたのシステムの実際の完全パスを使用してください。Windowsでは、バックスラッシュではなく正斜線(/)を使用してください。

ステップ6：PyMOLプラグインのインストール

1. PyMOLを開きます。
2. プラグイン → プラグインマネージャーに移動します。
3. 「新しいプラグインのインストール」タブをクリックします。
4. 「ファイルを選択...」を選択し、クローンしたリポジトリに移動します。
5. pymol-mcp-socket-plugin/__init__.pyファイルを選択します。
6. 「開く」をクリックしてプラグインをインストールします。

💻 使用例

PyMOL起動時にプラグインを読み込む

PyMOL起動時に自動的にプラグインを読み込むには、以下の行を~/.pymolrcファイルに追加します。

load_plugin /path/to/pymol-mcp-socket-plugin/pymol_mcp_plugin.so

🤝 プロジェクトへの貢献

貢献を歓迎します！自由にPull Requestを送信してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトはMIT Licenseの下でライセンスされています。詳細はLICENSEファイルを参照してください。