Pymol MCP

🚀 PyMOL-MCP：將PyMOL與Claude AI集成

PyMOL-MCP藉助Model Context Protocol (MCP)，成功實現了PyMOL與Claude AI的連接，讓Claude能夠直接對PyMOL進行控制和操作。這一強大的集成功能，使得利用自然語言開展結構生物學、分子可視化和分析工作成為現實。

點擊查看相關鏈接

🚀 快速開始

PyMOL-MCP通過獨特的集成方式，讓Claude AI與PyMOL建立連接，實現自然語言控制的分子可視化和分析。下面為你詳細介紹使用前的準備和操作步驟。

✨ 主要特性

• 雙向通信：藉助基於套接字的服務器，實現Claude AI與PyMOL的連接。
• 智能命令解析：運用自然語言處理技術解析PyMOL命令。
• 分子可視化控制：可操作分子的表示形式、顏色和視圖。
• 結構分析：能夠執行測量、對齊等結構分析操作。
• 代碼執行：可在Claude中直接運行任意Python代碼來控制PyMOL。

📦 安裝指南

先決條件

• 系統已安裝PyMOL。
• 已安裝Claude for Desktop。
• 安裝了Python 3.10或更高版本。
• 安裝了Git。

第一步：安裝UV包管理器

在macOS上：

brew install uv

在Windows上：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

對於其他平臺，請訪問UV安裝指南。

第二步：克隆倉庫

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

第三步：設置環境

創建並激活Python虛擬環境：

python -m venv venv

在macOS/Linux上：

source venv/bin/activate

在Windows上：

venv\Scripts\activate

第四步：安裝依賴項

激活虛擬環境後：

pip install mcp

第五步：配置Claude Desktop

1. 打開Claude Desktop。
2. 轉到Claude > 設置 > 開發人員 > 編輯配置。
3. 這將打開claude_desktop_config.json文件。
4. 添加MCP服務器配置：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[您系統的實際完整路徑]",
      "args": ["[PyMOL_MCP_Server.py的實際完整路徑]"]
    }
  }
}

例如：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

⚠️ 重要提示

使用您系統的實際完整路徑。在Windows上，使用正斜槓(/)而不是反斜槓。

第六步：安裝PyMOL插件

1. 打開PyMOL。
2. 轉到Plug-in → Plug-in Manager。
3. 點擊“Install New Plugin”標籤。
4. 選擇“Choose file...”，導航到克隆的倉庫。
5. 選擇pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py文件。
6. 點擊“打開”以安裝插件。

💻 使用示例

基礎用法

在PyMOL啟動時自動加載插件，將以下行添加到~/.pymolrc文件：

load_plugin /path/to/pymol-mcp-socket-plugin/pymol_mcp_plugin.so

📄 許可證

本項目根據MIT License授權，詳情請參閱LICENSE文件。

👥 項目貢獻

歡迎貢獻！請隨意提交Pull Request。