Pubchem MCP Server

🚀 PubChem MCP サーバー

PubChem MCPサーバーは、化学化合物の検索や分析などの機能を提供するサーバーです。このサーバーを使用することで、化学化合物に関する詳細な情報を取得できます。

🚀 クイックスタート

📦 インストール

リポジトリのクローン

git clone https://github.com/your-username/PubChem-MCP-Server.git
cd PubChem-MCP-Server

依存関係のインストール

Python 3.10以上がインストールされていることを確認してください。次に、以下のコマンドを実行して必要な依存関係をインストールします。

pip install mcp pubchempy pandas

💻 使用例

基本的な使用法

設定ファイルの作成

プロジェクトディレクトリに pubchem_config.json という名前のファイルを作成し、以下の内容を追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubchem_mcp_server"]
    }
  }
}

サーバーの起動

以下のコマンドを実行してPubChem MCPサーバーを起動します。

python -m pubchem_mcp_server

✨ 主な機能

基本機能

化合物検索

Claude Desktopでは、以下のクエリ形式を使用して化学化合物を検索できます。

• 名前で検索する場合：

  查找有关 aspirin 的 PubChem 信息。
  

• CIDで検索する場合：

  显示 CID 2244 对应的化合物详细信息。
  

化合物分析

PubChem MCPサーバーは、以下の詳細な化合物分析機能を提供します。

• 化学構造と性質：分子式、分子量、SMILES、InChI表記を含みます。
• 薬理学的性質：溶解度、logP値など。
• 生物活性：様々な酵素や受容体の結合データを含みます。
• 応用分野：医薬開発、材料科学など。
• 安全性と毒性情報：毒性や環境影響データを含みます。

高度な機能

化合物の可視化

化学化合物の2Dまたは3Dの可視化画像を生成して表示します。

化合物の比較

複数の化合物の性質と構造を比較します。

化合物の保存

化合物情報をローカルに保存して、すぐにアクセスできるようにします。

保存された化合物の一覧表示

保存されたすべての化合物のリストを表示します。

📚 ドキュメント

プロジェクト構造

• pubchem_server.py：FastMCPフレームワークを使用したPubChem MCPサーバーの主要な実装ファイル。
• pubchem_search.py：PubChemを検索するサンプルコードが含まれています。

依存関係

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging
• pubchempy（PubChem APIにアクセスするため）
• pandas（データ処理用）

すべての依存関係をインストールするには、以下のコマンドを実行します。

pip install mcp pubchempy pandas

🤝 貢献ガイド

貢献を歓迎します！自由にPull Requestを送信してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトはMITライセンスの下でライセンスされています。

⚠️ 重要提示

このツールは研究目的でのみ使用されることを意図しています。PubChemのサービス条項を遵守し、責任を持ってこのツールを使用してください。