Pubchem MCP Server

🚀 PubChem MCP 服務器

PubChem MCP 服務器是一個用於化學化合物搜索與分析的工具。它允許用戶通過多種方式搜索化合物信息，還能對化合物進行詳細分析，具備可視化、比較、保存等功能，為化學研究提供便利。

🚀 快速開始

要使用 PubChem MCP 服務器，你需要先完成安裝，再進行配置和啟動。以下是具體步驟：

📦 安裝指南

克隆倉庫

首先，將項目倉庫克隆到本地，並進入項目目錄：

git clone https://github.com/your-username/PubChem-MCP-Server.git
cd PubChem-MCP-Server

安裝依賴項

確保你已經安裝了 Python 3.10 或更高版本。然後運行以下命令安裝所需的依賴項：

pip install mcp pubchempy pandas

💻 使用示例

創建配置文件

在你的項目目錄中創建一個名為 pubchem_config.json 的文件，並添加以下內容：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubchem_mcp_server"]
    }
  }
}

啟動服務器

運行以下命令啟動 PubChem MCP 服務器：

python -m pubchem_mcp_server

✨ 主要特性

基本功能

化合物搜索

你可以使用以下查詢格式在 Claude Desktop 中搜索化學化合物：

• 使用名稱進行搜索：

  查找有關 aspirin 的 PubChem 信息。
  

• 使用 CID 進行搜索：

  顯示 CID 2244 對應的化合物詳細信息。
  

化合物分析

PubChem MCP 服務器提供以下詳細的化合物分析功能：

• 化學結構和性質：包括分子式、分子量、SMILES 和 InChI 表示。
• 藥理學性質：如溶解度、logP 值等。
• 生物活性：涵蓋各種酶和受體的結合數據。
• 應用領域：藥物開發、材料科學等。
• 安全與毒性信息：包括毒性和環境影響數據。

高級功能

可視化化合物

生成並顯示化學化合物的 2D 或 3D 可視化圖像。

比較化合物

比較多個化合物的性質和結構。

保存化合物

將化合物信息本地保存以便快速訪問。

列出已保存化合物

查看所有已保存的化合物列表。

📚 詳細文檔

項目結構

• pubchem_server.py：PubChem MCP 服務器的主要實現文件，使用 FastMCP 框架。
• pubchem_search.py：包含搜索 PubChem 的示例代碼。

依賴項

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging
• pubchempy（用於訪問 PubChem API）
• pandas（用於數據處理）

安裝所有依賴項請運行：

pip install mcp pubchempy pandas

🤝 貢獻指南

歡迎貢獻！請隨意提交 Pull Request。

📄 許可證

本項目 licensed under the MIT License.

⚠️ 免責聲明

此工具僅用於研究用途。請遵守 PubChem 的服務條款，負責任地使用此工具。