Scanpy MCP

🚀 Scanpy MCP サーバー

Scanpyは、シングルセルRNAシーケンシング（scRNA-Seq）分析用のソフトウェアです。このMCPサーバーは、自然言語処理をサポートしています。

✨ 主な機能

• 入出力モジュール：自然言語でscRNA-Seqデータの読み取りと書き込みが可能です。
• 前処理モジュール：フィルタリング、品質管理、正規化、スケーリング、高可変遺伝子検出、PCA、近傍解析などの機能があります。
• ツールモジュール：クラスタリングや差次的発現解析などの機能を提供します。
• 描画モジュール：バイオリンプロット、ヒートマップ、ドットプロットなどを生成できます。

❓ 対象ユーザー

• 自然言語でscRNA-Seq分析を行いたいすべてのユーザー
• アプリケーションでScanpy関数を呼び出したい開発者

🌐 使用シーン

scanpy-mcpは、ほとんどのMCP対応AIクライアント、プラグイン、またはプロキシフレームワークで使用できます。

• AIクライアント（例：チェリースタジオ）
• プラグイン（例：Cline）
• プロキシフレームワーク（例：Agno）

🎬 デモ

AIクライアントCherry Studioで自然言語を使用してscRNA-Seq細胞クラスタリング分析を行うデモビデオです。 リンク

🚀 クイックスタート

📦 インストール

PyPIからインストールします。

pip install scanpy-mcp

以下のコマンドを実行してテストできます。

scmcp run

ローカルでのscanpy-serverの実行

MCPクライアントで次の設定を参照してください。

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

リモートでのscanpy-serverの実行

サーバー上で次のコマンドを実行します。

scmcp run --transport sse --port 8000

その後、MCPクライアントを次のように設定します。

http://localhost:8000/sse

🤝 貢献と連絡

何か問題があれば、問題を提出するか、以下のメールアドレス（hsh-me@outlook.com）で連絡してください。また、コードへの貢献も歓迎します！