Scanpy MCP

🚀 Scanpy MCP服務器

Scanpy MCP服務器是一款專為單細胞RNA測序（scRNA-Seq）分析軟件Scanpy打造的工具，它支持自然語言處理，極大地簡化了scRNA-Seq的分析流程，為用戶帶來更便捷的使用體驗。

🚀 快速開始

安裝

從PyPI安裝：

pip install scanpy-mcp

您可以通過運行以下命令進行測試：

scmcp run

本地運行scanpy-server

在您的MCP客戶端中參考以下配置：

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

遠程運行scanpy-server

在服務器上運行：

scmcp run --transport sse --port 8000

然後配置您的MCP客戶端，例如：

http://localhost:8000/sse

✨ 主要特性

• 輸入輸出模塊：使用自然語言讀取和寫入scRNA-Seq數據。
• 預處理模塊：涵蓋過濾、質量控制、歸一化、縮放、高可變基因檢測、PCA、鄰居分析等功能。
• 工具模塊：提供聚類、差異表達分析等實用工具。
• 繪圖模塊：可生成小提琴圖、熱圖、點圖等多種可視化圖表。

❓ 適用人群

• 所有希望通過自然語言進行scRNA-Seq分析的用戶。
• 開發人員，希望在他們的應用程序中調用Scanpy函數。

🌐 使用場景

您可以在大多數支持MCP的AI客戶端、插件或代理框架中使用scanpy-mcp：

• AI客戶端，如櫻桃工作室。
• 插件，如Cline。
• 代理框架，如Agno。

🎬 演示

這裡有一個演示視頻，展示了在AI客戶端Cherry Studio中使用自然語言進行scRNA-Seq細胞聚類分析的過程。 點擊查看視頻

🤝 貢獻與聯繫

如果您有任何問題，請提交問題或通過以下郵箱聯繫我（hsh-me@outlook.com）。也歡迎您為代碼做出貢獻！