Pubchem MCP Server

🚀 PubChem MCP サーバー

PubChem MCP サーバーは、PubChem データベースから化学化合物データを取得するためのモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。このサーバーを使用することで、AI モデルが PubChem データベース内の化合物情報をクエリできます。

🚀 クイックスタート

PubChem MCP サーバーは、Python で実装された MCP サーバーで、標準的な MCP インターフェースを通じて、化合物の属性、2D 構造、および 3D 分子座標へのアクセスを提供します。

✨ 主な機能

• 名称または PubChem CID を使用して化合物をクエリできます。
• 以下を含む包括的な化合物データを取得できます。
  • IUPAC 名称
  • 分子式
  • 分子量
  • SMILES 表記
  • InChI および InChIKey
• 次の複数の出力形式をサポートしています。
  • JSON（デフォルト）
  • CSV
  • XYZ（3D 構造）
• パフォーマンス向上のための組み込みキャッシュシステムがあります。
• API の信頼性を確保するための自動リトライメカニズムがあります。
• PubChem 3D が利用できない場合の代替 3D 構造生成機能があります。

📦 インストール

ソースコードからのインストール

# リポジトリをクローンする
git clone https://github.com/yourusername/pubchem-mcp-server.git
cd pubchem-mcp-server/python_version

# パッケージをインストールする
pip install -e .

# 高度な 3D 構造処理のために、RDKit を使用してインストールする
pip install -e ".[rdkit]"

📚 ドキュメント

MCP 設定

Claude またはその他の MCP 対応 AI モデルとサーバーを使用するには、次の内容を MCP 設定ファイルに追加してください。

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python3",
      "args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"],
      "env": {
        "PYTHONUNBUFFERED": "1"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": [
        "get_pubchem_data",
        "download_structure"
      ]
    }
  }
}

利用可能なツール

get_pubchem_data

化学化合物の構造と属性データを取得します。

パラメーター：

• query（必須）：化合物名または PubChem CID
• format（オプション）：出力形式 - "JSON"（デフォルト）、"CSV"、または "XYZ"
• include_3d（オプション）：3D 構造を含めるかどうか（形式が "XYZ" の場合のみ有効）

使用例：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>get_pubchem_data</tool_name>
<arguments>
{
  "query": "aspirin",
  "format": "JSON"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

download_structure

化合物の構造ファイルをダウンロードします。

パラメーター：

• cid（必須）：PubChem CID
• format（オプション）：ファイル形式 - "sdf"（デフォルト）、"mol"、または "smi"
• filename（オプション）：ダウンロードする構造のカスタムファイル名

使用例：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>download_structure</tool_name>
<arguments>
{
  "cid": "2244",
  "format": "sdf"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

プロジェクト構造

PubChemMCP
├── pubchem_mcp_server/
│   ├── __init__.py
│   ├── server.py
│   └── tools/
│       ├── get_pubchem_data.py
│       └── download_structure.py
└── README.md

キャッシュメカニズム

• データはアクセス後にキャッシュされ、後続のクエリ速度を向上させます。
• デフォルトのキャッシュ時間は 24 時間です。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスに準拠しています。