Pubchem MCP Server

🚀 PubChem MCP 服務器

PubChem MCP 服務器是一個基於模型上下文協議（MCP）的工具，它能讓 AI 模型便捷地從 PubChem 數據庫中檢索化學化合物的數據，為化學研究和相關應用提供有力支持。

🚀 快速開始

PubChem MCP Server 是用 Python 實現的 MCP 服務器，能讓 AI 模型查詢 PubChem 數據庫裡的化合物信息。它通過標準 MCP 接口，可方便地訪問化合物屬性、2D 結構和 3D 分子座標。

✨ 主要特性

• 靈活查詢：可通過名稱或 PubChem CID 查詢化合物。
• 數據全面：能檢索豐富的化合物數據，涵蓋 IUPAC 名稱、分子式、分子量、SMILES 符號、InChI 和 InChIKey 等。
• 多格式輸出：支持 JSON（默認）、CSV、XYZ（3D 結構）等多種輸出格式。
• 性能優化：內置緩存系統，提升查詢性能；具備自動重試機制，確保 API 可靠性。
• 備用方案：若 PubChem 3D 不可用，可生成備用 3D 結構。

📦 安裝指南

從源代碼安裝

# 克隆倉庫
git clone https://github.com/yourusername/pubchem-mcp-server.git
cd pubchem-mcp-server/python_version

# 安裝包
pip install -e .

# 為了增強的 3D 結構處理，使用 RDKit 進行安裝
pip install -e ".[rdkit]"

📚 詳細文檔

MCP 配置

要將服務器與 Claude 或其他支持 MCP 的 AI 模型配合使用，需將以下內容添加到 MCP 配置文件中：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python3",
      "args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"],
      "env": {
        "PYTHONUNBUFFERED": "1"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": [
        "get_pubchem_data",
        "download_structure"
      ]
    }
  }
}

可用工具

get_pubchem_data

用於檢索化學化合物的結構和屬性數據。

• 參數：
  • query（必需）：化合物名稱或 PubChem CID。
  • format（可選）：輸出格式，可選 "JSON"（默認）、"CSV" 或 "XYZ"。
  • include_3d（可選）：是否包含 3D 結構（僅在格式為 "XYZ" 時有效）。
• 示例用法：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>get_pubchem_data</tool_name>
<arguments>
{
  "query": "aspirin",
  "format": "JSON"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

download_structure

用於下載化合物的結構文件。

• 參數：
  • cid（必需）：PubChem CID。
  • format（可選）：文件格式，可選 "sdf"（默認）、"mol" 或 "smi"。
  • filename（可選）：自定義下載結構的文件名。
• 示例用法：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>download_structure</tool_name>
<arguments>
{
  "cid": "2244",
  "format": "sdf"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

項目結構

PubChemMCP
├── pubchem_mcp_server/
│   ├── __init__.py
│   ├── server.py
│   └── tools/
│       ├── get_pubchem_data.py
│       └── download_structure.py
└── README.md

緩存機制

• 數據訪問後會進行緩存，以加快後續查詢速度。
• 默認緩存時間為 24 小時。

🔧 技術細節

要求

• Python 3.8+
• Requests 庫
• RDKit（可選，用於增強的 3D 結構處理）

📄 許可證

本項目遵守 MIT 許可證。