Pubchem MCP Server
什麼是PubChem MCP Server?
這是一個連接AI模型與PubChem化學數據庫的橋樑服務。通過標準化的Model Context Protocol(MCP)協議,您可以輕鬆查詢超過1億種化學物質的詳細信息,包括分子結構、化學屬性和3D座標數據。如何使用PubChem MCP Server?
只需通過AI模型發送標準化查詢請求,服務器會自動從PubChem獲取數據並返回格式化結果。支持通過化合物名稱或唯一標識符(CID)查詢,無需直接操作數據庫。適用場景
特別適合需要整合化學數據的AI應用場景,如:藥物發現研究、化學教育助手、分子屬性分析等需要即時化學信息的智能系統。主要功能
化合物數據查詢支持通過名稱或CID查詢完整的化合物信息,包括IUPAC名稱、分子式、分子量等核心屬性
分子結構下載提供多種格式(SDF/MOL/SMI)的分子結構文件下載,滿足不同分析需求
3D結構支持自動獲取或生成3D分子座標數據(XYZ格式),支持分子可視化應用
智能緩存系統自動緩存常用化合物數據,顯著提升重複查詢的響應速度
優勢與侷限性
優勢
標準化接口:通過MCP協議提供統一訪問方式
數據豐富:直接對接全球最大化學數據庫PubChem
格式靈活:支持JSON/CSV/XYZ等多種輸出格式
容錯機制:自動重試和備用3D結構生成確保服務可靠性
侷限性
依賴網絡:需要穩定互聯網連接訪問PubChem
複雜查詢:暫不支持高級篩選條件
3D結構:部分化合物可能缺少官方3D數據
如何使用
安裝服務
通過Python包管理器pip安裝服務器組件
配置MCP
在AI模型的MCP配置文件中添加服務器信息
發送查詢
通過標準MCP協議發送化合物查詢請求
使用案例
藥物成分分析查詢常見藥物的化學成分和結構信息
分子可視化獲取3D分子結構用於科學可視化
常見問題
查詢返回速度如何?
支持哪些化學標識符?
需要RDKit嗎?
相關資源
PubChem官方網站
瞭解數據來源和完整化合物庫
GitHub倉庫
獲取源代碼和最新版本
MCP協議說明
學習Model Context Protocol標準
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