P

Pubchem MCP Server

一個基於Python的MCP服務器,用於從PubChem數據庫查詢化學化合物數據,提供化合物屬性、2D/3D結構等信息檢索功能。
2.5分
9

什麼是PubChem MCP Server?

這是一個連接AI模型與PubChem化學數據庫的橋樑服務。通過標準化的Model Context Protocol(MCP)協議,您可以輕鬆查詢超過1億種化學物質的詳細信息,包括分子結構、化學屬性和3D座標數據。

如何使用PubChem MCP Server?

只需通過AI模型發送標準化查詢請求,服務器會自動從PubChem獲取數據並返回格式化結果。支持通過化合物名稱或唯一標識符(CID)查詢,無需直接操作數據庫。

適用場景

特別適合需要整合化學數據的AI應用場景,如:藥物發現研究、化學教育助手、分子屬性分析等需要即時化學信息的智能系統。

主要功能

化合物數據查詢支持通過名稱或CID查詢完整的化合物信息,包括IUPAC名稱、分子式、分子量等核心屬性
分子結構下載提供多種格式(SDF/MOL/SMI)的分子結構文件下載,滿足不同分析需求
3D結構支持自動獲取或生成3D分子座標數據(XYZ格式),支持分子可視化應用
智能緩存系統自動緩存常用化合物數據,顯著提升重複查詢的響應速度

優勢與侷限性

優勢
標準化接口:通過MCP協議提供統一訪問方式
數據豐富:直接對接全球最大化學數據庫PubChem
格式靈活:支持JSON/CSV/XYZ等多種輸出格式
容錯機制:自動重試和備用3D結構生成確保服務可靠性
侷限性
依賴網絡:需要穩定互聯網連接訪問PubChem
複雜查詢:暫不支持高級篩選條件
3D結構:部分化合物可能缺少官方3D數據

如何使用

安裝服務
通過Python包管理器pip安裝服務器組件
配置MCP
在AI模型的MCP配置文件中添加服務器信息
發送查詢
通過標準MCP協議發送化合物查詢請求

使用案例

藥物成分分析查詢常見藥物的化學成分和結構信息
分子可視化獲取3D分子結構用於科學可視化

常見問題

查詢返回速度如何?
支持哪些化學標識符?
需要RDKit嗎?

相關資源

PubChem官方網站
瞭解數據來源和完整化合物庫
GitHub倉庫
獲取源代碼和最新版本
MCP協議說明
學習Model Context Protocol標準
安裝
複製以下命令到你的Client進行配置
{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python3",
      "args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"],
      "env": {
        "PYTHONUNBUFFERED": "1"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": [
        "get_pubchem_data",
        "download_structure"
      ]
    }
  }
}
注意:您的密鑰屬於敏感信息,請勿與任何人分享。
精選MCP服務推薦
B
Baidu Map
已認證
百度地圖MCP Server是國內首個兼容MCP協議的地圖服務,提供地理編碼、路線規劃等10個標準化API接口,支持Python和Typescript快速接入,賦能智能體實現地圖相關功能。
Python
717
4.5分
M
Markdownify MCP
Markdownify是一個多功能文件轉換服務,支持將PDF、圖片、音頻等多種格式及網頁內容轉換為Markdown格式。
TypeScript
1.7K
5分
F
Firecrawl MCP Server
Firecrawl MCP Server是一個集成Firecrawl網頁抓取能力的模型上下文協議服務器,提供豐富的網頁抓取、搜索和內容提取功能。
TypeScript
3.9K
5分
S
Sequential Thinking MCP Server
一個基於MCP協議的結構化思維服務器,通過定義思考階段幫助分解複雜問題並生成總結
Python
285
4.5分
M
Magic MCP
Magic Component Platform (MCP) 是一個AI驅動的UI組件生成工具,通過自然語言描述幫助開發者快速創建現代化UI組件,支持多種IDE集成。
JavaScript
1.7K
5分
C
Context7
Context7 MCP是一個為AI編程助手提供即時、版本特定文檔和代碼示例的服務,通過Model Context Protocol直接集成到提示中,解決LLM使用過時信息的問題。
TypeScript
5.2K
4.7分
E
Edgeone Pages MCP Server
EdgeOne Pages MCP是一個通過MCP協議快速部署HTML內容到EdgeOne Pages並獲取公開URL的服務
TypeScript
260
4.8分
N
Notion Api MCP
已認證
一個基於Python的MCP服務器,通過Notion API提供高級待辦事項管理和內容組織功能,實現AI模型與Notion的無縫集成。
Python
130
4.5分
AIbase
智啟未來,您的人工智慧解決方案智庫
© 2025AIbase