MCP Nf Core

🚀 Nf-coreツールMCP（非公式）

このMCPリポジトリは、nf-coreツールの機能を実験するためのものです。

🚀 クイックスタート

このMCPは、nf-coreツールを使用したパイプラインとモジュールの操作をサポートするツールセットを提供します。具体的には以下の機能があります。

• nf-coreテンプレートを使用してパイプラインを作成する
• nf-coreモジュールを一覧表示する
• nf-coreモジュールテンプレートを使用してモジュールを作成する
• 既存のnf-coreモジュールをパイプラインまたはモジュールリポジトリにインストールする

テスト目的で、コマンドライン（CLI）とPythonパッケージから直接これらのツールを実装しています。これら2つの実装に対応する2つの異なるMCPサーバーファイルが存在します。

1. nf-core.test-server.cli.py
2. nf-core.test-server.python.py

📦 インストール

以下のソフトウェアを事前にインストールする必要があります。

• Claude Desktop App
• Uv
• nf-core tools

Claude DesktopでFastMCPを使用してインストールする

1. uvを使用して仮想環境を作成します。

uv venv

2. 仮想環境をアクティブ化します。

source .venv/bin/activate

3. 必要なパッケージを追加します。

uv add "mcp[cli]" nf-core

4. サーバーをインストールします。

fastmcp install nf-core.test-server.cli.py ## CLIベースのサーバー
fastmcp install nf-core.test-server.python.py ## Pythonベースのサーバー

サーバーをCursorに追加する

以下のJSONコードを使用して、サーバーをCursorに追加します。

{
  "mcpServers": {
    "mix_server": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "[サーバーディレクトリの完全パス（このリポジトリのフォルダ）]",
        "run",
        "server.py"
      ]
    }
  }
}