MCP Nf Core

🚀 Nf-core工具MCP（非官方）

本項目是一個用於實驗nf-core工具功能的MCP倉庫，提供了一套訪問nf-core工具的實用工具，可用於管道和模塊操作。

🚀 快速開始

此MCP提供了一套訪問nf-core工具的工具，用於管道和模塊：

• 使用nf-core模板創建管道
• 列出nf-core模塊
• 使用nf-core模塊模板創建模塊
• 將現有的nf-core模塊安裝到您的管道或模塊倉庫中

出於測試目的，從命令行（cli）和直接從Python包實現了這些工具。為這兩種實現存在兩個不同的MCP服務器文件：

1. nf-core.test-server.cli.py
2. nf-core.test-server.python.py

📦 安裝指南

依賴安裝

• Claude Desktop App
• Uv
• nf-core tools

使用FastMCP在Claude Desktop中安裝

1. 創建帶有uv的venv：

uv venv

2. 激活環境：

source .venv/bin/activate

3. 添加所需包：

uv add "mcp[cli]" nf-core

4. 安裝服務器

fastmcp install nf-core.test-server.cli.py ## 基於CLI的服務器
fastmcp install nf-core.test-server.python.py ## 基於Python的服務器

將服務器添加到Cursor

{
  "mcpServers": {
    "mix_server": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "[完整路徑到服務器目錄（此倉庫文件夾）]",
        "run",
        "server.py"
      ]
    }
  }
}