MCP Pride Archive Search

🚀 PRIDE アーカイブ MCP 検索サーバー

このプロジェクトは、モデルコンテキストプロトコル (MCP) に準拠した API サーバーを実装しています。主要なタンパク質グループ学データウェアハウスである PRIDE Archive を検索するツールを提供します。Claude などの AI モデルや、その他の MCP 互換の大規模言語モデルが、構造化された関数呼び出しを通じて、プログラムでタンパク質グループ学データセットと相互作用できるようになります。

✨ 主な機能

• ✅ FastMCP で駆動される MCP サーバー
• 🔍 キーワード、提出日、人気度などでデータセットを照会できる PRIDE アーカイブ検索ツール
• 🤖 生物医学およびタンパク質グループ学研究に適した AI ツール
• ⚡ http（SSE）および stdio 接続モードをサポート
• 🛠️ さらに多くのツールを追加することで簡単に拡張可能

📦 インストール

リポジトリをクローンし、依存関係をインストールします。

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # または pip install -r requirements.txt

💻 使用例

基本的な使用法

好みの接続タイプ（http または stdio）で MCP サーバーを起動します。

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

コマンドライン引数

🔧 技術詳細

search_archive_tool(...)

PRIDE アーカイブデータベースからタンパク質グループ学データセットを取得します。

以下の場合に使用します：

• タンパク質グループ学研究データの検索
• 質量分析データセットの照会
• 生物医学データセットの探索（例：癌関連）
• 人気または特定のタンパク質グループ学プロジェクトの検索

🤝 LLM との統合

このサーバーは、モデルコンテキストプロトコルをサポートする任意の LLM に適しています。以下を含みます：

• Anthropic Claude
• Google Gemini
• オープンソース MCP クライアント
• カスタム RAG パイプライン

📚 ドキュメント

アーキテクチャの概要

+---------------------+       ツール呼び出し        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API サーバー        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE アーカイブ REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+