MCP Pride Archive Search

🚀 PRIDE 檔案 MCP 搜索服務器

該項目實現了一個符合 模型上下文協議 (MCP) 的 API 服務器，為搜索 PRIDE Archive（一個主要的蛋白質組學數據倉庫）提供了工具。它允許 AI 模型（例如 Claude 或其他與 MCP 兼容的大語言模型）通過結構化的函數調用，以編程方式與蛋白質組學數據集進行交互。

🚀 快速開始

本項目實現的 API 服務器，能助力 AI 模型與蛋白質組學數據集交互，為生物醫學和蛋白質組學研究提供便利。

✨ 主要特性

• ✅ 由 FastMCP 驅動的 MCP 服務器，性能出色。
• 🔍 PRIDE 檔案搜索工具，可依據關鍵字、提交日期、流行度等條件查詢數據集。
• 🤖 對生物醫學和蛋白質組學研究友好的 AI 工具，降低研究門檻。
• ⚡ 支持 http（SSE）和 stdio 連接模式，滿足不同使用場景。
• 🛠️ 可通過添加更多工具輕鬆擴展，具備良好的擴展性。

📦 安裝指南

克隆倉庫並安裝依賴項：

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # 或 pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基礎用法

使用您首選的連接類型（http 或 stdio）啟動 MCP 服務器：

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

命令行參數：

🔧 技術細節

search_archive_tool(...)

從 PRIDE 檔案數據庫獲取蛋白質組學數據集。

適用場景：

• 搜索蛋白質組學研究數據。
• 質譜數據集查詢。
• 生物醫學數據集探索（例如癌症相關）。
• 查找流行或特定的蛋白質組學項目。

🤝 與 LLM 的集成

此服務器適用於任何支持模型上下文協議的 LLM，包括：

• Anthropic Claude
• Google Gemini
• 開源 MCP 客戶端
• 自定義 RAG 管道

🧠 架構概述

+---------------------+       工具調用        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API 服務器        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE 檔案 REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+