MCP Server Lims

🚀 MCP サーバー LIMS

MCP サーバー LIMS は、試料の受領からデータ分析までの一連の流れを管理するための完全な実験室情報管理システム (LIMS) を実現することを目指しています。

🚀 クイックスタート

MCP サーバー LIMS を使用することで、試料の受領からデータ分析までの一連の流れを効率的に管理することができます。以下に、システムの構築と実行方法を説明します。

✨ 主な機能

1. 試料の受領と登録
   • 試料の基本情報（名称、出所など）をシステムに入力します。
2. 準備手順
   • MCP ツールを使用して試料を処理し、ラベルを付け、「合格」または「不合格」の状態を監視します。
3. 分析手順
   • 準備手順で「合格」と判定された試料を分析します。
4. レポート生成
   • 前三つの手順のすべてのデータを含む総合レポートを生成します。

🔧 技術詳細

• サーバー側のコードは Python で開発されています。
• 試料情報や実験データの保存と管理には SQLite データベースが採用されています。
• 他のシステムとの統合を容易にするため、RESTful API インターフェースが提供されています。

📦 インストール

リポジトリのクローン

$ git clone https://github.com/sheffler/mcp-server-lims

環境の初期化

$ cd mcp-server-lims
$ uv init
$ uv venv
$ . .venv/bin/activate

依存関係のインストール

$ uv sync

💻 使用例

基本的な使用法

Claude Desktop の設定

~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json を編集し、以下の内容を追加します。

{
    "mcpServers": {
        "mcp-lims-server": {
            "command": "/Users/sheffler/git/mcp-server-lims/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/Users/sheffler/git/mcp-server-lims/lims_server.py"
            ]
        },
        "sqlite": {
            "command": "/Users/sheffler/.local/bin/uvx",
            "args": [
                "mcp-server-sqlite",
                "--db-path",
                "/Users/sheffler/test.db"
            ]
        }
    }
}

Oterm の設定

~/Library/Application Support/oterm/config.json を編集し、以下の内容を追加します。

{
    "theme": "textual-dark",
    "splash-screen": false,
    "mcpServers": {
        "mcp-lims-server": {
            "command": "/Users/sheffler/git/mcp-server-lims/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/Users/sheffler/git/mcp-server-lims/lims_server.py"
            ]
        },
        "sqlite": {
            "command": "/Users/sheffler/.local/bin/uvx",
            "args": [
                "mcp-server-sqlite",
                "--db-path",
                "/Users/sheffler/test.db"
            ]
        }
    }
}

高度な使用法

Claude Desktop で生成されるサンプルレポートは以下の通りです。