MCP Server Lims

该项目展示了一个基于MCP协议的AI代理管理实验室信息管理系统(LIMS)的示例，通过模拟实验仪器工具和数据库交互，完成样本从登记、制备到分析的完整工作流数据处理。

研究与数据开发者工具 #实验室管理 #AI代理 #数据工作流 #MCP协议 .Python

评分 : 2分

下载量 : 6

更新时间 : 2025-04-29

什么是MCP服务器（LIMS）？

MCP服务器（LIMS）是一个基于Model Context Protocol的实验室信息管理系统，旨在通过AI工具实现样品管理、数据分析和工作流自动化。它允许用户跟踪样品在实验室中的流转过程，并生成详细的报告。

如何使用MCP服务器（LIMS）？

使用MCP服务器（LIMS），您需要先配置数据库环境，然后通过AI工具调用执行实验室工作流。系统会自动记录每个步骤的数据，并生成最终的报告。

适用场景

适用于实验室样品管理、数据跟踪、分析和报告生成，尤其适合涉及多个仪器和复杂流程的场景。

主要功能

样品录入（Accessioning）支持将样品基本信息（如名称、质量）录入系统并保存到数据库。

准备工具（Preparation Tool）模拟实验室仪器对样品进行处理，生成带有标签和状态的数据。

分析工具（Analysis Tool）处理准备工具的输出数据，生成分析结果。

报告生成整合所有步骤的数据，生成易于理解的工作流报告。

优势与局限性

优势

支持复杂的实验室工作流管理

通过AI工具实现自动化处理

生成详尽的工作流报告

局限性

依赖外部数据库运行

对大型数据集可能性能有限

如何使用

安装MCP服务器

克隆代码仓库并初始化虚拟环境。

启动服务器

激活虚拟环境并运行服务器脚本。

配置AI工具

编辑配置文件以连接到MCP服务器。

执行工作流

通过AI工具调用各个步骤，生成最终报告。

使用案例

样品录入（Accessioning）将样品信息录入系统，生成初始数据表。

准备工具（Preparation Tool）模拟仪器对样品进行处理并标记状态。

报告生成整合所有步骤数据生成工作流报告。

常见问题

MCP服务器是否支持真实实验室仪器？

如何确保数据安全？

需要哪些前置条件？

🚀 MCP 服务器 LIMS

MCP 服务器 LIMS 致力于实现一个完整的实验室信息管理系统 (LIMS)，可对从样品接收到数据分析的全流程进行有效管理。

🚀 快速开始

构建与运行步骤

克隆仓库

$ git clone https://github.com/sheffler/mcp-server-lims

初始化环境

$ cd mcp-server-lims
$ uv init
$ uv venv
$ . .venv/bin/activate

安装依赖
```
$ uv sync
```

✨ 主要特性

样品接收与登记
- 可将样品的基本信息（如名称、来源等）录入系统。
准备步骤
- 运用 MCP 工具对样品进行处理，涵盖附加标签以及监控“通过”或“失败”的状态。
分析步骤
- 针对准备步骤中状态为“通过”的样品展开分析。
报告生成
- 生成包含前三步所有数据的综合报告。

🔧 技术细节

服务器端代码采用 Python 进行开发。
借助 SQLite 数据库来存储和管理样品信息及实验数据。
提供 RESTful API 接口，方便与其他系统进行集成。

💻 使用示例

配置示例

Claude Desktop 配置

编辑 ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json，添加以下内容：

{
    "mcpServers": {
        "mcp-lims-server": {
            "command": "/Users/sheffler/git/mcp-server-lims/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/Users/sheffler/git/mcp-server-lims/lims_server.py"
            ]
        },
        "sqlite": {
            "command": "/Users/sheffler/.local/bin/uvx",
            "args": [
                "mcp-server-sqlite",
                "--db-path",
                "/Users/sheffler/test.db"
            ]
        }
    }
}

Oterm 配置

编辑 ~/Library/Application Support/oterm/config.json，添加以下内容：

{
    "theme": "textual-dark",
    "splash-screen": false,
    "mcpServers": {
        "mcp-lims-server": {
            "command": "/Users/sheffler/git/mcp-server-lims/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/Users/sheffler/git/mcp-server-lims/lims_server.py"
            ]
        },
        "sqlite": {
            "command": "/Users/sheffler/.local/bin/uvx",
            "args": [
                "mcp-server-sqlite",
                "--db-path",
                "/Users/sheffler/test.db"
            ]
        }
    }
}