Bioos MCP Server

🚀 Bio-OS MCP サーバー

Bio-OS 用に設計された、モデルコンテキストプロトコル（MCP）に基づくツールとプロンプトサーバーです。ワークフロー管理と Docker イメージ構築機能を提供します。

🚀 クイックスタート

この MCP ツールとのやり取りには、VSCode の CLINE 拡張機能の使用をおすすめします。2 つのデプロイオプションがあります。ローカルマシンでの単独インストール、または Miracle Cloud IES インスタンス内での Code Server を使用する方法です。必要に応じて最適なオプションを選択してください。

📦 ローカルインストール（ローカル VSCode で MCP を使用）

前提条件

Bio-OS MCP サーバーには以下の依存関係が必要です。

1. uv（Python パッケージマネージャー）をインストールします。

pip install uv

2. Cromwell（ワークフロー実行エンジン）をインストールします。

brew install cromwell

インストール

Bio-OS MCP サーバーのリポジトリをクローンします。

git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git

設定

CLINE の MCP 設定で Bio-OS MCP サーバーのスクリプトパスを設定します。プレースホルダーをインストールされた絶対パスに置き換えます。

{
  "mcpServers": {
    "bioos": {
      "command": "path/to/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "path/to/bioos-mcp-server",
        "run",
        "path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
      ],
      "env": {
        "PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src"
      }
    }
  }
} 

以下に示す設定手順に従って操作します。状態が緑色に変わったら、Bio-OS MCP サーバーが使用可能になります。接続が不安定な場合は、「接続を再試行」をクリックしてください。

現在、CLINE は MCP プロンプトをサポートしていないため、最適な体験を得るには bioos-mcp-prompt.md の内容を CLINE のカスタムコマンドにコピーしてください。

設定が完了したら、Bio-OS MCP サーバーを使用して開発を開始できます。

📦 クラウドインストール（Miracle Cloud を使用）

1. Miracle Cloud プラットフォームにログインします。
2. コンソールで「ツールサービス」セクションを見つけます。
3. 「Bio-OS MCP サーバー」を検索して選択します。
4. ガイドに従って新しい IES インスタンスを作成します。
5. インストールが完了したら、インスタンスのコンソールにアクセスして次の設定を行います。

✨ 主な機能

• ワークフロー管理：複雑なバイオインフォマティクスタスクのワークフロー定義と実行をサポートします。
• Docker イメージ構築：便利な Docker イメージ構築ツールを提供し、イメージ作成プロセスを簡素化します。
• API サポート：RESTful API を通じてサービス呼び出しインターフェイスを提供し、既存のシステムへの統合を容易にします。

📚 ドキュメント

API リファレンス

ツールリスト

1. wdl_development_workflow_prompt

   • 機能：完全な WDL スクリプト開発ガイドを生成します。
   • 内容：スクリプト開発手順、タスク構造規範、実行時の設定要件などが含まれます。

2. wdl_runtime_prompt

   • 機能：WDL 実行時の設定テンプレートを生成します。
   • 内容：Docker イメージ設定、メモリ設定（デフォルト 8 GB）、ディスク空間割り当て（デフォルト 20 GB）、CPU 設定（デフォルト 4 コア）が含まれます。

3. workflow_input_prompt

   • 機能：ワークフロー入力準備ガイドを生成します。
   • 内容：入力ファイルの準備手順、パラメータ検証規範、ファイルパス要件などが含まれます。

4. workflow_submission_prompt

   • 機能：ワークフロー提出テンプレートを生成します。
   • 内容：必要な証明書（ak/sk）、ワークスペース設定、入力ファイル要件などが含まれます。

5. docker_build_prompt

   • 機能：Docker 構築プロセスガイドを生成します。
   • 内容：Dockerfile 生成手順、構築設定要件、イメージリポジトリ設定、構築状態監視方法などが含まれます。

プロンプト内容（MCP サーバーを直接使用する場合または Claude Desktop のみ）

現在、CLINE 環境ではプロンプト機能がサポートされていないため、上記のプロンプトは MCP サーバーを直接アクセスする場合のみ使用できます。

🤝 貢献

問題の報告やプルリクエストは大歓迎です。

📄 ライセンス

MIT License