Bioos MCP Server

🚀 Bio-OS MCP 服務器

Bio-OS MCP 服務器是一個基於模型上下文協議（MCP）的工具和提示服務器，專為 Bio-OS 量身打造。它提供了工作流管理和 Docker 鏡像構建功能，能有效助力生物信息學相關開發工作。

🚀 快速開始

我們推薦使用 VSCode 的 CLINE 擴展與該 MCP 工具交互。您有兩種部署選項可供選擇：在本地機器上獨立安裝，或者在 Miracle Cloud IES 實例中使用 Code Server。您可以根據自身需求挑選最合適的選項。

📦 安裝指南

本地安裝（通過本地 VSCode 使用 MCP）

先決條件

Bio-OS MCP 服務器需要以下依賴項：

1. 安裝 uv（Python 包管理器）：

pip install uv

2. 安裝 Cromwell（工作流執行引擎）：

brew install cromwell

安裝

克隆 Bio-OS MCP 服務器倉庫：

git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git

配置

在 CLINE 的 MCP 設置中配置 Bio-OS MCP 服務器腳本路徑。請將佔位符替換為安裝的絕對路徑：

{
  "mcpServers": {
    "bioos": {
      "command": "path/to/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "path/to/bioos-mcp-server",
        "run",
        "path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
      ],
      "env": {
        "PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src"
      }
    }
  }
} 

按照下面所示的配置過程進行操作。當狀態變為綠色時，Bio-OS MCP 服務器即可使用。如果連接不穩定，請點擊“重試連接”：

由於 CLINE 目前不支持 MCP 提示，您可以將 bioos-mcp-prompt.md 的內容複製到 CLINE 的自定義指令中，以獲得最佳體驗：

完成配置後，您就可以開始使用 Bio-OS MCP 服務器進行開發啦。

雲安裝（通過 Miracle Cloud 使用）

1. 登錄 Miracle Cloud 平臺。
2. 在控制檯中找到“工具服務”部分。
3. 搜索並選擇“Bio-OS MCP 服務器”。
4. 按照指引創建一個新的 IES 實例。
5. 安裝完成後，訪問實例的控制檯進行下一步配置。

✨ 主要特性

• 工作流管理：支持複雜生物信息學任務的工作流定義和執行。
• Docker 鏡像構建：提供便捷的 Docker 鏡像構建工具，簡化鏡像製作流程。
• API 支持：通過 RESTful API 提供服務調用接口，便於集成到現有系統中。

📚 詳細文檔

API 參考

工具列表

1. wdl_development_workflow_prompt
   • 功能：生成完整的 WDL 腳本開發指南
   • 內容：包括腳本開發步驟、任務結構規範、運行時配置要求等
2. wdl_runtime_prompt
   • 功能：生成 WDL 運行時配置模板
   • 內容：涵蓋 Docker 鏡像配置、內存設置（默認 8 GB）、磁盤空間分配（默認 20 GB）及 CPU 設置（默認 4 核）
3. workflow_input_prompt
   • 功能：生成工作流輸入準備指南
   • 內容：包括輸入文件準備步驟、參數驗證規範及文件路徑要求
4. workflow_submission_prompt
   • 功能：生成工作流提交模板
   • 內容：涉及所需憑證（ak/sk）、工作區配置及輸入文件要求等
5. docker_build_prompt
   • 功能：生成 Docker 構建過程指南
   • 內容：包括 Dockerfile 生成步驟、構建配置要求、鏡像倉庫設置及構建狀態監控方法

提示內容（僅限 MCP 服務器直接使用或 Claude Desktop）

由於 CLINE 環境中目前不支持提示功能，上述提示僅在通過 MCP 服務器直接訪問時可用。

🤝 貢獻

歡迎提出問題和提交拉取請求。

📄 許可證

MIT License