Bioos MCP Server

🚀 Bio-OS MCP 服务器

Bio-OS MCP 服务器是一个基于模型上下文协议（MCP）的工具和提示服务器，专为 Bio-OS 量身打造。它提供了工作流管理和 Docker 镜像构建功能，能有效助力生物信息学相关开发工作。

🚀 快速开始

我们推荐使用 VSCode 的 CLINE 扩展与该 MCP 工具交互。您有两种部署选项可供选择：在本地机器上独立安装，或者在 Miracle Cloud IES 实例中使用 Code Server。您可以根据自身需求挑选最合适的选项。

📦 安装指南

本地安装（通过本地 VSCode 使用 MCP）

先决条件

Bio-OS MCP 服务器需要以下依赖项：

1. 安装 uv（Python 包管理器）：

pip install uv

2. 安装 Cromwell（工作流执行引擎）：

brew install cromwell

安装

克隆 Bio-OS MCP 服务器仓库：

git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git

配置

在 CLINE 的 MCP 设置中配置 Bio-OS MCP 服务器脚本路径。请将占位符替换为安装的绝对路径：

{
  "mcpServers": {
    "bioos": {
      "command": "path/to/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "path/to/bioos-mcp-server",
        "run",
        "path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
      ],
      "env": {
        "PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src"
      }
    }
  }
} 

按照下面所示的配置过程进行操作。当状态变为绿色时，Bio-OS MCP 服务器即可使用。如果连接不稳定，请点击“重试连接”：

由于 CLINE 目前不支持 MCP 提示，您可以将 bioos-mcp-prompt.md 的内容复制到 CLINE 的自定义指令中，以获得最佳体验：

完成配置后，您就可以开始使用 Bio-OS MCP 服务器进行开发啦。

云安装（通过 Miracle Cloud 使用）

1. 登录 Miracle Cloud 平台。
2. 在控制台中找到“工具服务”部分。
3. 搜索并选择“Bio-OS MCP 服务器”。
4. 按照指引创建一个新的 IES 实例。
5. 安装完成后，访问实例的控制台进行下一步配置。

✨ 主要特性

• 工作流管理：支持复杂生物信息学任务的工作流定义和执行。
• Docker 镜像构建：提供便捷的 Docker 镜像构建工具，简化镜像制作流程。
• API 支持：通过 RESTful API 提供服务调用接口，便于集成到现有系统中。

📚 详细文档

API 参考

工具列表

1. wdl_development_workflow_prompt
   • 功能：生成完整的 WDL 脚本开发指南
   • 内容：包括脚本开发步骤、任务结构规范、运行时配置要求等
2. wdl_runtime_prompt
   • 功能：生成 WDL 运行时配置模板
   • 内容：涵盖 Docker 镜像配置、内存设置（默认 8 GB）、磁盘空间分配（默认 20 GB）及 CPU 设置（默认 4 核）
3. workflow_input_prompt
   • 功能：生成工作流输入准备指南
   • 内容：包括输入文件准备步骤、参数验证规范及文件路径要求
4. workflow_submission_prompt
   • 功能：生成工作流提交模板
   • 内容：涉及所需凭证（ak/sk）、工作区配置及输入文件要求等
5. docker_build_prompt
   • 功能：生成 Docker 构建过程指南
   • 内容：包括 Dockerfile 生成步骤、构建配置要求、镜像仓库设置及构建状态监控方法

提示内容（仅限 MCP 服务器直接使用或 Claude Desktop）

由于 CLINE 环境中目前不支持提示功能，上述提示仅在通过 MCP 服务器直接访问时可用。

🤝 贡献

欢迎提出问题和提交拉取请求。

📄 许可证

MIT License