Molecule MCP

🚀 分子可視化ツールドキュメント

このツールは、一般的な分子の可視化をサポートし、分子構造分析や化学計算機能を提供します。ユーザーはコマンドラインインターフェースを通じてサーバーとやり取りし、分子画像の生成、属性の照会、データベースへのアクセスを行うことができます。

🚀 クイックスタート

この分子可視化ツールを利用することで、分子構造の可視化や化学属性の計算などが行えます。以下に、基本的な使い方を説明します。

✨ 主な機能

• 分子構造の可視化をサポートします。
• 一般的な分子データベースを統合しています。
• 化学属性の計算ツールを提供します。
• 新しい分子タイプの追加や化学分析アルゴリズムの拡張が可能です。
• 統一されたログシステムを維持しています。

📦 インストール

プロジェクトの依存関係

プロジェクトで必要なサードパーティライブラリは requirements.txt ファイルに明記されています。

mcp[cli]>=0.1.0
rdkit>=2023.3.1
pillow>=10.0.0

Python 3.8 以上のバージョンでのインストールと実行を推奨します。

サーバーの起動

分子可視化サーバーを起動するには、以下のコマンドを実行してください。

python molecule_server.py

💻 使用例

基本的な使用法

ツールインターフェース

分子可視化ツール

1. 分子構造の表示

visualize_molecule --query <分子名称またはSMILES文字列>

2. Base64エンコード画像としてエクスポート

visualize_molecule_base64 --query <分子名称またはSMILES文字列>

3. 分子属性情報の取得

get_molecule_properties --query <分子名称またはSMILES文字列>

分子データベースの照会

1. サポートされているすべての分子の一覧表示

list_common_molecules

2. 特定の分子のSMILESコードの取得

get_smiles_for --name <分子名称>

リソースインターフェース

1. 分子の基本情報の取得

molecule://{name}/info

2. 分子構造データの取得

molecule://{name}/structure

3. 分子属性の表示

molecule://{name}/properties

高度な使用法

例1：aspirin分子の可視化

from mcp import ClientSession, StdioServerParameters
from mcp.client.stdio import stdio_client

async def visualize_aspirin():
    server_params = StdioServerParameters(
        command="python",
        args=["aspirin_visualizer.py"],
        env=None
    )
    
    async with stdio_client(server_params) as (stdin, stdout):
        client = ClientSession(stdin, stdout)
        await client.initialize()
        
        # 可視化ツールの呼び出し
        result = await client.call_tool("visualize_molecule", {"query": "aspirin"})
        
        # 画像ファイルの保存
        with open("aspirin_visualization.png", "wb") as f:
            f.write(result.content[0].image.data)

例2：カフェインの分子属性の取得

async def get_caffeine_properties():
    server_params = StdioServerParameters(
        command="python",
        args=["caffeine_analyzer.py"],
        env=None
    )
    
    async with stdio_client(server_params) as (stdin, stdout):
        client = ClientSession(stdin, stdout)
        await client.initialize()
        
        # 分子属性の照会
        result = await client.call_tool("get_molecule_properties", {"query": "caffeine"})
        print(result.content[0].text)

📚 ドキュメント

プロジェクト要件

機能要件

1. 核心機能
   • 分子構造の可視化をサポートします。
   • 一般的な分子データベースを統合しています。
   • 化学属性の計算ツールを提供します。
2. 拡張性要件
   • 新しい分子タイプの追加をサポートします。
   • 化学分析アルゴリズムの拡張が可能です。
   • 統一されたログシステムを維持します。
3. パフォーマンス指標
   • 分子レンダリング効率：単一分子のレンダリング時間は5秒以内。
   • データベース照会応答：平均応答時間は200ミリ秒未満。
   • 並行処理能力：少なくとも10個のクライアント要求を同時に処理できます。

関連リンク

• RDKit 公式ドキュメント
• Python 画像処理ライブラリ Pillow チュートリアル
• MCP プロトコル技術仕様

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスに準拠しており、詳細な条項は LICENSE ファイルを参照してください。

プロジェクトのメンテナー

• 张三
• 李四

貢献ガイド

コミュニティからの貢献を歓迎します！コードや問題を提出する場合は、GitHub リポジトリにアクセスして Pull Request または Issues を提出してください。