Molecule MCP

一個基於MCP協議的分子可視化服務器，提供SMILES代碼的分子結構可視化、分子屬性計算和常見分子數據庫查詢功能，支持與Claude等LLM應用集成。

教育與學習工具研究與數據 #分子可視化 #化學工具 #SMILES解析 #藥物屬性 .Python

評分 : 2分

下載量 : 5

更新時間 : 2025-04-29

什麼是分子可視化MCP服務器？

這是一款基於MCP協議的服務器，旨在通過SMILES字符串或常見分子名稱生成分子的2D圖像，並提供分子性質的詳細信息。它適用於化學教育、研究和分析。

如何使用分子可視化MCP服務器？

用戶可以通過簡單的命令或圖形界面輸入分子名稱或SMILES字符串，服務器將返回分子圖像及詳細屬性。

適用場景

該工具非常適合化學教育、分子研究、藥物設計以及化學科普應用。

主要功能

分子圖像生成根據輸入的SMILES字符串或分子名稱，生成高質量的2D分子圖像。

分子性質分析計算並顯示分子的基本屬性，如分子式、分子量、氫鍵供體數等。

常見分子數據庫內置多個常見分子數據庫，支持快速查詢。

自定義圖像設置支持調整圖像尺寸和顯示選項，如是否顯示原子索引。

優勢與侷限性

優勢

強大的分子可視化能力，支持多種輸入方式。

豐富的分子性質計算功能。

內置常見分子數據庫，方便快速查詢。

易於集成到其他應用程序中。

侷限性

需要安裝特定的依賴項和環境。

某些複雜分子可能無法準確顯示。

僅支持2D分子圖像生成。

如何使用

安裝服務器

按照提供的安裝指南，克隆代碼並安裝所需依賴。

啟動服務器

運行服務器腳本以開始監聽MCP請求。

在Claude Desktop中配置

編輯Claude Desktop配置文件以添加服務器地址。

使用案例

生成阿司匹林的分子圖像用戶輸入阿司匹林的名稱，服務器返回其2D圖像。

獲取對乙酰氨基酚的分子性質用戶輸入對乙酰氨基酚的名稱，服務器返回其分子性質。

常見問題

如何安裝服務器？

服務器支持哪些常見分子？

服務器能否處理複雜的分子？

🚀 分子可視化工具文檔

本工具致力於為常見分子提供可視化支持，具備分子結構分析與化學計算功能。用戶可藉助命令行接口與服務器交互，實現分子圖像生成、屬性查詢以及數據庫訪問。

🚀 快速開始

本工具可幫助用戶輕鬆實現分子的可視化、屬性查詢等功能。通過命令行接口，用戶能方便地與服務器交互，獲取所需信息。

✨ 主要特性

提供分子結構可視化支持。
集成常見分子數據庫。
具備化學屬性計算工具。
支持新增分子類型。
可擴展化學分析算法。
維護統一的日誌系統。

📦 安裝指南

項目依賴

項目所需的第三方庫已明確列於 requirements.txt 文件中：

mcp[cli]>=0.1.0
rdkit>=2023.3.1
pillow>=10.0.0

建議使用 Python 3.8 或更高版本進行安裝和運行。

運行服務器

要啟動分子可視化服務器，請執行以下命令：

python molecule_server.py

💻 使用示例

基礎用法

工具接口

顯示分子結構

visualize_molecule --query <分子名稱或SMILES字符串>

導出為Base64編碼圖像

visualize_molecule_base64 --query <分子名稱或SMILES字符串>

獲取分子屬性信息

get_molecule_properties --query <分子名稱或SMILES字符串>

列出所有支持的分子

list_common_molecules

獲取特定分子的SMILES編碼

get_smiles_for --name <分子名稱>

資源接口

獲取分子基本信息

molecule://{name}/info

獲取分子結構數據

molecule://{name}/structure

查看分子屬性

molecule://{name}/properties

高級用法

示例1：可視化 aspirin 分子

from mcp import ClientSession, StdioServerParameters
from mcp.client.stdio import stdio_client

async def visualize_aspirin():
    server_params = StdioServerParameters(
        command="python",
        args=["aspirin_visualizer.py"],
        env=None
    )
    
    async with stdio_client(server_params) as (stdin, stdout):
        client = ClientSession(stdin, stdout)
        await client.initialize()
        
        # 調用可視化工具
        result = await client.call_tool("visualize_molecule", {"query": "aspirin"})
        
        # 保存圖像文件
        with open("aspirin_visualization.png", "wb") as f:
            f.write(result.content[0].image.data)

示例2：獲取咖啡因的分子屬性

async def get_caffeine_properties():
    server_params = StdioServerParameters(
        command="python",
        args=["caffeine_analyzer.py"],
        env=None
    )
    
    async with stdio_client(server_params) as (stdin, stdout):
        client = ClientSession(stdin, stdout)
        await client.initialize()
        
        # 查詢分子屬性
        result = await client.call_tool("get_molecule_properties", {"query": "caffeine"})
        print(result.content[0].text)

📚 詳細文檔

項目需求

功能需求

核心功能：分子結構可視化支持、常見分子數據庫集成、化學屬性計算工具。
可擴展性要求：支持新增分子類型、擴展化學分析算法、維護統一的日誌系統。
性能指標：分子渲染效率要求單個分子渲染時間不超過 5 秒；數據庫查詢響應平均響應時間小於 200 毫秒；併發處理能力支持同時處理至少 10 個客戶端請求。