Ols MCP Server

🚀 OLS MCP 服務器

大語言模型在處理本體時表現不佳，常常會虛構術語或其標識符。本服務器提供了一種可靠的方式來訪問和查詢本體，確保信息準確且最新。

本倉庫包含一個模型上下文協議（MCP）服務器，用於訪問 本體查詢服務（OLS） API。該服務器使 AI 助手能夠從各種生物和醫學本體中搜索和檢索本體術語、概念和層次結構。

本服務器旨在與 Claude Desktop 等 AI 助手無縫協作，允許用戶使用自然語言查詢本體。它支持廣泛的本體，包括基因本體（GO）、人類表型本體（HP）等等。

未啟用（下圖上半部分）和啟用 mcp 服務器（下圖下半部分）的對比：

✨ 主要特性

OLS MCP 服務器提供以下工具：

• 🔍 搜索術語：跨本體搜索術語，並支持靈活過濾
• 📚 搜索本體：發現可用的本體及其元數據
• ℹ️ 獲取本體信息：檢索特定本體的詳細信息
• 🎯 獲取術語信息：獲取特定術語的全面詳細信息
• 🌳 獲取術語子項：查找本體層次結構中的直接子術語
• 👨‍👩‍👧‍👦 獲取術語祖先：檢索父術語和祖先
• 🤖 查找相似術語：使用大語言模型嵌入發現語義相似的術語

📦 安裝指南

前提條件

• Python 3.12 或更高版本
• uv 包管理器

安裝 uv（如果尚未安裝）

# macOS/Linux
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

# Windows
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

安裝 OLS MCP 服務器

# 克隆倉庫
git clone https://github.com/seandavi/ols-mcp-server.git
cd ols-mcp-server

# 安裝依賴
uv sync

# 作為工具安裝（可選）
uv tool install .

💻 使用示例

基礎用法

在與 Claude Desktop 完成配置後，你可以使用自然語言與 OLS API 進行交互：

# 搜索術語
> "在人類表型本體中搜索與糖尿病相關的術語"
> "在基因本體中查找所有包含 '細胞凋亡' 的術語"

# 獲取本體信息
> "告訴我關於基因本體的信息"
> "有哪些適用於化合物的本體？"

# 探索術語層次結構
> "展示基因本體中 '代謝過程' 術語的子項"
> "HP:0000118 的祖先術語有哪些？"

# 查找相似術語
> "在基因本體中查找與 '心臟發育' 相似的術語"

📚 詳細文檔

開發環境設置

1. 克隆倉庫：

   git clone <repository-url>
   cd ols-mcp-server
   

2. 安裝依賴：

   uv sync --extra dev
   

3. 激活虛擬環境：

   source .venv/bin/activate  # macOS/Linux
   # 或者
   .venv\Scripts\activate     # Windows
   

代碼質量

# 格式化代碼
uv run ruff format

# 代碼檢查
uv run ruff check

# 類型檢查
uv run mypy src/

添加新特性

1. 在 src/ols_mcp_server/server.py 中使用 @mcp.tool() 裝飾器添加新工具
2. 在 src/ols_mcp_server/models.py 中創建模型以實現結構化響應
3. 更新測試以覆蓋新功能
4. 根據需要更新文檔

API 文檔

服務器與 EBI 本體查詢服務 API v2 進行交互。關鍵端點如下：

• 搜索：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/search
• 本體：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies
• 術語：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/terms
• 層次結構：https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies/{ontology}/classes/{term}/children

🔧 技術細節

支持的本體

服務器可與通過 EBI 本體查詢服務獲取的任何本體協同工作，包括：

• GO（基因本體）
• EFO（實驗因子本體）
• HP（人類表型本體）
• MONDO（君主疾病本體）
• ChEBI（生物相關化學實體）
• UBERON（超級解剖學本體）
• 還有更多...

🔧 故障排除

常見問題

1. 未找到服務器：確保在你的 Claude 配置中服務器的路徑正確
2. 權限錯誤：確保服務器腳本可執行
3. 網絡錯誤：檢查你的互聯網連接和防火牆設置
4. Python 版本：確保使用的是 Python 3.12 或更高版本

🤝 貢獻指南

1. 分叉倉庫
2. 創建功能分支：git checkout -b feature-name
3. 進行更改
4. 運行測試：uv run pytest
5. 格式化代碼：uv run ruff format
6. 提交拉取請求

📄 許可證

文檔中未提及許可證相關信息。

🙏 致謝

• EBI 本體查詢服務 提供 API
• FastMCP 提供 MCP 框架
• 本體社區維護這些寶貴資源