PRIDE Archive Search

🚀 MCP PRIDE 數據庫搜索服務器

本項目構建了一個遵循 模型上下文協議 (MCP) 標準的 API 服務器，提供了用於搜索 PRIDE 數據庫 的工具。PRIDE 數據庫是蛋白質組學領域至關重要的數據倉庫，該服務器允許 AI 模型（如 Claude 或其他兼容 MCP 的大語言模型）通過結構化的函數調用，與蛋白質組學數據集進行編程交互。

🚀 快速開始

本項目實現了一個符合 模型上下文協議 (MCP) 標準的 API 服務器，提供工具以搜索 PRIDE 數據庫，允許 AI 模型通過結構化的函數調用與蛋白質組學數據集進行編程交互。

✨ 主要特性

• ✅ 由 FastMCP 提供支持的 MCP 服務器
• 🔍 PRIDE 數據庫搜索工具，可通過關鍵字、提交日期、流行度等條件查詢數據集
• 🤖 適合生物醫學和蛋白質組學研究的 AI 友好型工具
• ⚡ 支持 http（SSE）和 stdio 連接模式
• 🛠️ 易於擴展以添加更多工具

📦 安裝指南

克隆倉庫並安裝依賴：

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # 或 pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基礎用法

以您選擇的連接類型啟動 MCP 服務器：

python -m mcp_pride_ARCHIVE_SEARCH --connection_type http --port 9999

命令行參數說明：

📚 詳細文檔

🔧 工具 API

search_archive_tool(...)

從 PRIDE 數據庫中獲取蛋白質組學數據集。 在以下情況下使用：

• 搜索蛋白質組學研究數據
• 質譜數據分析查詢
• 生物醫學數據探索（例如癌症相關研究）
• 查找特定或熱門的蛋白質組學項目

🤝 與 LLM 的集成

此服務器可與任何支持模型上下文協議的 LLM 配合使用，包括：

• Anthropic Claude
• Google Gemini
• 開源 MCP 客戶端
• 自定義 RAG 管道

🧠 架構概述

+---------------------+       工具調用        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API 服務器        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE 數據庫 REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+

📄 許可證

採用 MIT 許可證。詳細內容請參閱 LICENSE 文件。