PRIDE Archive Search

🚀 MCP PRIDE データベース検索サーバー

このプロジェクトは、モデルコンテキストプロトコル (MCP) 標準に準拠した API サーバーを実装しています。重要なタンパク質グループ学データウェアハウスである PRIDE データベース を検索するためのツールを提供します。Claude やその他の MCP 互換の大規模言語モデルなどの AI モデルが、構造化された関数呼び出しを通じてタンパク質グループ学データセットとプログラム的にやり取りできるようになります。

🚀 クイックスタート

このプロジェクトは、MCP 標準に準拠した API サーバーを提供し、PRIDE データベースの検索を可能にします。AI モデルとの連携により、タンパク質グループ学データの探索が容易になります。

✨ 主な機能

• ✅ FastMCP でサポートされる MCP サーバー
• 🔍 キーワード、提出日、人気度などの条件で PRIDE データベースのデータセットを検索できるツール
• 🤖 生物医学およびタンパク質グループ学研究に適した AI フレンドリーなツール
• ⚡ http（SSE）および stdio 接続モードをサポート
• 🛠️ 追加のツールを簡単に拡張できる

📦 インストール

リポジトリをクローンし、依存関係をインストールします。

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # または pip install -r requirements.txt

💻 使用例

基本的な使用法

選択した接続タイプで MCP サーバーを起動します。

python -m mcp_pride_ARCHIVE_SEARCH --connection_type http --port 9999

コマンドライン引数の説明

🔧 技術詳細

search_archive_tool(...)

PRIDE データベースからタンパク質グループ学データセットを取得します。

以下の場合に使用します：

• タンパク質グループ学研究データの検索
• 質量分析データ分析のクエリ
• 生物医学データの探索（例：がん関連の研究）
• 特定または人気のタンパク質グループ学プロジェクトの検索

🤝 LLM との統合

このサーバーは、モデルコンテキストプロトコルをサポートする任意の LLM と連携できます。以下を含みます：

• Anthropic Claude
• Google Gemini
• オープンソース MCP クライアント
• カスタム RAG パイプライン

🧠 アーキテクチャの概要

+---------------------+       ツール呼び出し        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API サーバー        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE データベース REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスの下で提供されています。詳細は LICENSE ファイルを参照してください。