Pubmed Searcher

🚀 PubMed 分析 MCP 服務器

這是一個專業的PubMed醫學文獻分析MCP服務器，旨在幫助科研人員快速洞察醫學研究動態。目前該項目由苦逼醫學生獨立開發，功能仍在不斷完善中，歡迎各位提出寶貴建議和改進意見！

✨ 主要特性

• 文獻檢索：支持PubMed高級檢索語法，可靈活設置日期範圍和結果數量，精準定位所需文獻。
• 熱點分析：通過統計關鍵詞頻率，精準識別熱門研究方向，並彙總相關文獻，助力科研人員把握研究熱點。
• 趨勢追蹤：追蹤關鍵詞隨時間的頻率變化，清晰揭示研究趨勢的演變過程，為科研決策提供有力支持。
• 發文統計：提供靈活的時間週期設置，深入分析文獻數量變化，幫助科研人員瞭解研究領域的發展態勢。
• 全面報告：一鍵生成包含熱點、趨勢和統計信息的分析報告，為科研人員節省大量時間和精力。

📦 安裝指南

# 安裝依賴
pip install -r requirements.txt
# 或使用uv
uv pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基礎用法

MCP工具使用說明

本服務器提供了一系列實用的MCP工具，以下為您詳細介紹各工具的使用方法和主要參數：

1. search_pubmed

搜索PubMed並保存結果。 主要參數：

• email：您的電子郵件（必填）
• advanced_search：PubMed搜索查詢（必填，與高級檢索語法相同）
• max_results：最大結果數（默認：1000）

2. list_result_files

列出可用的結果文件。

3. analyze_research_hotspots

分析研究熱點。 主要參數：

• filename：結果文件名（必填）
• top_n：分析的關鍵詞數量（默認：20）

4. analyze_research_trends

分析研究趨勢。

5. analyze_publication_count

分析發文數量。

6. generate_comprehensive_analysis

生成全面分析報告。

配置 mcp.json

因為習慣使用uv虛擬環境，所以這裡直接使用python的路徑運行python文件。

// 在 mcp.json 中添加以下配置（適用於Windows）
"PubMed": {
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "path/to/python.exe",
          "path/to/server.py"
        ]
    }
// 例如，我的 mcp.json 文件如下
{
    "mcpServers": {
      "fetch":{
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "uvx",
          "mcp-server-fetch"
        ]
      },
      "PubMed": {
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "path/to/python.exe",
          "path/to/server.py"
        ]
      }
    }
}

高級用法

調用示例

// 例如，調用 analyze_research_hotspots 工具：
python script.py --tool analyze_research_hotspots --filename results.json --top_n 50

📄 注意事項

⚠️ 重要提示

• 使用本服務器時，請嚴格遵守NCBI的API使用政策。
• 分析結果將保存在指定路徑下，請確保路徑有效。
• 本項目功能仍在完善中，可能會出現不穩定的情況。

💡 使用建議 歡迎各位積極提出建議和改進意見，共同推動項目的發展和完善！