Pubmed Searcher

🚀 PubMed分析MCPサーバー

このサーバーは、苦労する医学部学生自身のMCPサーバーです。新しく開発されたプロジェクトで、機能はまだ整備中です。皆さんからの提案や改善案を歓迎します！専門的なPubMed医学文献分析MCPサーバーで、研究者が医学研究の動向を迅速に把握するのを支援します。

🚀 クイックスタート

このPubMed分析MCPサーバーは、医学研究の分野における文献分析を効率化するために開発されました。以下のセクションでは、サーバーの主な機能、使用方法、注意事項などを説明します。

✨ 主な機能

• 文献検索 / Literature Retrieval：PubMedの高度な検索構文をサポートし、日付範囲と結果数を設定できます。
• ホットスポット分析 / Hotspot Analysis：キーワードの頻度を集計し、人気の研究分野を特定し、関連文献をまとめます。
• トレンド追跡 / Trend Tracking：キーワードの時間経過に伴う頻度の変化を追跡し、研究トレンドの進化を明らかにします。
• 論文数統計 / Publication Count：柔軟な時間周期設定を提供し、文献数の変化を分析します。
• 包括的レポート / Comprehensive Reports：ワンクリックでホットスポット、トレンド、統計を含む分析レポートを生成します。

📦 インストール

# 依存関係のインストール
pip install -r requirements.txt
# またはuvを使用する場合
uv pip install -r requirements.txt

💻 使用例

基本的な使用法

1. search_pubmed

PubMedを検索し、結果を保存します。 主要パラメータ：

• email：あなたのメールアドレス（必須）
• advanced_search：PubMed検索クエリ（必須、高度な検索構文と同じ）
• max_results：最大結果数（デフォルト：1000）

2. list_result_files

利用可能な結果ファイルをリストします。

3. analyze_research_hotspots

研究ホットスポットを分析します。 主要パラメータ：

• filename：結果ファイル名（必須）
• top_n：分析するキーワードの数（デフォルト：20）

4. analyze_research_trends

研究トレンドを分析します。

5. analyze_publication_count

論文数を分析します。

6. generate_comprehensive_analysis

包括的な分析レポートを生成します。

高度な使用法

設定 mcp.json

uv仮想環境を使うのが好きなので、ここでは直接Pythonのパスを使ってPythonファイルを実行します。

// mcp.jsonに以下の設定を追加する（Windows用）
"PubMed": {
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "path/to/python.exe",
          "path/to/server.py"
        ]
    }
// 例えば、私のmcp.jsonファイルは次のようになっています
{
    "mcpServers": {
      "fetch":{
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "uvx",
          "mcp-server-fetch"
        ]
      },
      "PubMed": {
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "path/to/python.exe",
          "path/to/server.py"
        ]
      }
    }
}

呼び出し例

// 例えば、analyze_research_hotspotsツールを呼び出す場合：
python script.py --tool analyze_research_hotspots --filename results.json --top_n 50

📚 ドキュメント

注意事項

⚠️ 重要な注意事項

このサーバーを使用する際には、NCBIのAPI使用ポリシーに従ってください。

⚠️ 重要な注意事項

分析結果は指定されたパスに保存されますので、パスが有効であることを確認してください。

⚠️ 重要な注意事項

このプロジェクトはまだ開発中であり、不安定な状況が発生する可能性があります。

皆さんからの提案や改善案を歓迎します！