Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP 服務器

本項目是一個PubMed MCP服務器，藉助 BioPython 的 Entrez 模塊實現對PubMed文章摘要的搜索功能。同時，它利用 FastMCP 框架達成異步搜索，有效提升搜索效率。

🚀 快速開始

先決條件

• Python 3.8 或更高版本
• mcp[cli]
• BioPython

設置

1. 克隆倉庫：

   git clone PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. 安裝依賴項： 使用 uv 安裝所需包：

   uv add -r requirements.txt
   

3. 配置 Entrez 郵箱： 確保在代碼中設置了有效的電子郵件地址（在 main.py 中）：

   Entrez.email = "give an email address"
   

運行服務器

通過運行以下命令啟動PubMed MCP服務器：

uv run main.py

該命令使用 uv 命令行工具啟動服務器（如您配置的那樣）。

配置 MCP 客戶端

要將MCP客戶端配置為連接到PubMed MCP服務器，請創建或更新您的 config.json 文件，如下所示：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/codingaslu/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/codingaslu/OneDrive/Desktop/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

配置說明

• command：運行MCP服務器的命令行工具的完整路徑（在此情況下為 uv）。
• args：
  • --directory：指定服務器所在的根目錄。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server"：服務器根目錄的路徑。
  • "run" 和 "main.py"：啟動PubMed MCP服務器的命令和入口點。

✨ 主要特性

• 搜索PubMed：根據關鍵詞查詢文章。
• 獲取摘要：獲取PubMed返回的文章摘要。
• 異步操作：使用異步執行（通過 asyncio.to_thread）避免阻塞服務器。

💻 使用示例

基礎用法

一旦服務器運行且MCP客戶端配置完成，您可以使用提供的工具：

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

這將返回一個字符串，其中包含摘要，摘要之間通過換行符分隔。

高級用法

您可以根據需求調整搜索關鍵詞和最大結果數量：

search_pubmed(query="your_custom_query", max_results=20)

📄 許可證

此項目在 MIT License 下授權。您可以根據需要調整路徑和詳細信息。