Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP サーバー

このリポジトリには、BioPython の Entrez モジュールを使用してPubMedの記事要約を検索するMCPサーバーが含まれており、FastMCPフレームワークを利用して非同期検索機能を提供します。

✨ 主な機能

• PubMed検索：キーワードに基づいて記事を検索します。
• 要約取得：PubMedから返される記事の要約を取得します。
• 非同期操作：非同期実行（asyncio.to_thread を通じて）を使用して、サーバーのブロッキングを回避します。

📦 インストール

前提条件

• Python 3.8 以上
• mcp[cli]
• BioPython

セットアップ手順

1. リポジトリのクローン

   git clone PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. 依存関係のインストール uvを使用して必要なパッケージをインストールします。

   uv add -r requirements.txt
   

3. Entrezのメールアドレスの設定 コード内（main.py で）に有効なメールアドレスを設定してください。

   Entrez.email = "give an email address"
   

💻 使用例

サーバーの起動

次のコマンドを実行して、PubMed MCPサーバーを起動します。

uv run main.py

このコマンドは、uvコマンドラインツールを使用してサーバーを起動します（設定通り）。

MCPクライアントの設定

MCPクライアントをPubMed MCPサーバーに接続するように設定するには、config.json ファイルを次のように作成または更新してください。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/codingaslu/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/codingaslu/OneDrive/Desktop/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

設定の説明

• command：MCPサーバーを実行するコマンドラインツールの完全なパス（この場合は uv）。
• args：
  • --directory：サーバーが存在するルートディレクトリを指定します。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server"：サーバーのルートディレクトリのパス。
  • "run" と "main.py"：PubMed MCPサーバーを起動するコマンドとエントリポイント。

基本的な使用法

サーバーが起動し、MCPクライアントが設定されたら、提供されているツールを使用できます。

• ツール：search_pubmed
• パラメータ：
  • query：PubMedでの検索語（デフォルトは "endocarditis"）。
  • max_results：取得する記事の最大数（デフォルトは 10）。

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

このコマンドは、要約を含む文字列を返し、要約は改行で区切られます。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT License の下でライセンスされています。必要に応じてパスや詳細情報を調整できます。