Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP 服務器

PubMed MCP 服務器是基於 fastapi - mcp 的服務，為用戶提供訪問 PubMed 數據庫的接口。藉助該服務，用戶能搜索 PubMed 文章、獲取文章元數據，還可下載 PMC 文章的 PDF 文件。

🚀 快速開始

PubMed MCP 服務器是一個基於 fastapi - mcp 的服務，提供了對 PubMed 數據庫的訪問接口。你可以按照以下步驟啟動服務：

1. 克隆倉庫並安裝依賴

git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

# 安裝 uv 工具，用於管理虛擬環境和依賴項同步
pip install uv

2. 創建並激活虛擬環境

uv sync
source .venv/bin/activate  # Linux/Mac
# 或
.venv\Scripts\activate  # Windows

3. 配置環境變量 創建 .env 文件來自定義配置：

DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs

默認情況下，PDF 文件將保存在 /tmp/pubmed - pdfs 目錄下。 4. 啟動服務

uv run main.py

服務器將在 http://localhost:8977 上運行。然後你可以在 mcp 客戶端中配置這個 endpoint，並使用 SSE 模式。

✨ 主要特性

• 搜索文章：根據關鍵詞搜索 PubMed 數據庫中的文章。
• 獲取元數據：獲取特定 PubMed ID 的文章詳細信息，包括標題、摘要、作者、關鍵詞等。
• 下載 PDF：下載 PMC 文章的 PDF 文件到本地。

📦 安裝指南

克隆倉庫

git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

# 安裝 uv 工具，用於管理虛擬環境和依賴項同步
pip install uv

創建並激活虛擬環境

uv sync
source .venv/bin/activate  # Linux/Mac
# 或
.venv\Scripts\activate  # Windows

配置

創建 .env 文件來自定義配置：

DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs

默認情況下，PDF 文件將保存在 /tmp/pubmed - pdfs 目錄下。

💻 使用示例

基礎用法

啟動服務：

uv run main.py

服務器將在 http://localhost:8977 上運行。然後你可以在 mcp 客戶端中配置這個 endpoint，並使用 SSE 模式。

📚 詳細文檔

項目結構

.
├── app/               # API 應用定義
│   └── pubmed.py      # PubMed API 端點
├── core/              # 核心功能
│   └── config.py      # 配置管理
├── service/           # 服務層
│   ├── __init__.py    # 基礎 URL 和工具函數
│   ├── file.py        # 文件下載功能
│   └── search.py      # PubMed 搜索和解析功能
├── tests/             # 測試目錄
├── .env               # 環境變量配置
├── main.py            # 應用入口
└── pyproject.toml     # 項目依賴

📄 許可證

本項目採用 MIT 許可證。詳情請參閱 LICENSE 文件。