Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP サーバー

PubMed MCP サーバーは、fastapi - mcp をベースにしたサービスで、PubMed データベースへのアクセスインターフェースを提供します。このサービスを使用すると、ユーザーは PubMed の記事を検索し、記事のメタデータを取得し、PMC 記事の PDF ファイルをダウンロードすることができます。

🚀 クイックスタート

このセクションでは、PubMed MCP サーバーの基本的な使い方を説明します。

✨ 主な機能

• 記事検索：キーワードを使って PubMed データベース内の記事を検索します。
• メタデータ取得：特定の PubMed ID の記事の詳細情報（タイトル、要約、著者、キーワードなど）を取得します。
• PDF ダウンロード：PMC 記事の PDF ファイルをローカルにダウンロードします。

📦 インストール

1. リポジトリのクローン

git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

# 仮想環境の管理と依存関係の同期に使用する uv ツールをインストール
pip install uv

2. 仮想環境の作成とアクティブ化

uv sync
source .venv/bin/activate  # Linux/Mac
# または
.venv\Scripts\activate  # Windows

設定

.env ファイルを作成して、カスタム設定を行うことができます。

DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs

デフォルトでは、PDF ファイルは /tmp/pubmed - pdfs ディレクトリに保存されます。

💻 使用例

基本的な使用法

uv run main.py

サーバーは http://localhost:8977 で起動します。 その後、mcp クライアントでこのエンドポイントを設定し、SSE モードを使用することができます。

📚 ドキュメント

プロジェクト構造

.
├── app/               # API アプリケーションの定義
│   └── pubmed.py      # PubMed API エンドポイント
├── core/              # コア機能
│   └── config.py      # 設定管理
├── service/           # サービス層
│   ├── __init__.py    # 基本 URL とユーティリティ関数
│   ├── file.py        # ファイルダウンロード機能
│   └── search.py      # PubMed 検索と解析機能
├── tests/             # テストディレクトリ
├── .env               # 環境変数の設定
├── main.py            # アプリケーションのエントリーポイント
└── pyproject.toml     # プロジェクトの依存関係

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスの下で提供されています。詳細は LICENSE ファイルを参照してください。