Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP 服务器

PubMed MCP 服务器作为一座桥梁，让理解模型上下文协议（MCP）的应用程序（MCP 客户端），如先进的人工智能助手（大语言模型）、集成开发环境（IDE）扩展或自定义研究工具，能够直接且高效地与 PubMed 庞大的生物医学文献数据库进行交互。借助该服务器，工具无需进行复杂的 API 集成或手动搜索，即可实现研究工作流程自动化、获取研究见解、将 PubMed 集成到人工智能驱动的研究中以及可视化研究数据等功能。

项目徽章

🚀 快速开始

PubMed MCP 服务器允许理解模型上下文协议（MCP）的应用程序（如高级人工智能助手、IDE 扩展或自定义研究工具）直接与 PubMed 的生物医学文献数据库进行交互。通过该服务器，你的工具可以：

• 自动化研究工作流程：自动搜索文献、获取完整文章元数据、跟踪引用并生成研究计划。
• 获取研究见解：在不离开宿主应用程序的情况下，访问详细的出版物数据、作者信息、期刊详情、医学主题词表（MeSH）术语和引用网络。
• 将 PubMed 集成到人工智能驱动的研究中：使大语言模型能够进行文献综述、分析研究趋势并支持基于证据的决策。
• 可视化研究数据：根据出版物元数据和搜索结果生成图表和可视化。

该服务器基于强大的 mcp-ts-template 构建，通过 MCP 标准提供了一种标准化、安全且高效的方式来使用 PubMed 功能。

✨ 主要特性

核心实用工具

• 日志记录：结构化、可配置的日志记录（文件轮转、标准输出 JSON、MCP 通知），并对敏感数据进行编辑。
• 错误处理：集中式错误处理、标准化错误类型（McpError）和自动日志记录。
• 配置管理：使用 dotenv 加载环境变量，并进行全面验证。
• 输入验证/清理：使用 zod 进行模式验证和自定义清理逻辑。
• 请求上下文：使用 AsyncLocalStorage 通过唯一请求 ID 跟踪和关联操作。
• 类型安全：由 TypeScript 和 Zod 模式强制执行强类型。
• HTTP 传输：使用 Hono 的高性能 HTTP 服务器，具有会话管理、垃圾回收、跨源资源共享（CORS）和基于 IP 的速率限制。
• 身份验证：强大的身份验证层，支持 JWT 和 OAuth 2.1，并进行细粒度的范围强制。
• 部署：多阶段 Dockerfile，用于创建支持原生依赖的小型安全生产镜像。

PubMed 集成

• NCBI E-utilities 集成：全面访问 ESearch、EFetch、ELink 和 ESummary API，并自动解析 XML。
• 高级搜索功能：支持复杂查询构建，包括日期范围、出版物类型、作者过滤器和 MeSH 术语。
• 完整文章元数据：检索完整的出版物数据，包括摘要、作者、隶属关系、期刊信息、数字对象标识符（DOI）和引用数据。
• 引用网络分析：通过 ELink 集成查找相关文章、引用文章和参考文献列表。
• 研究规划：生成具有自动文献搜索策略的结构化研究计划。
• 数据可视化：根据出版物元数据生成 PNG 图表（条形图、折线图、散点图、饼图、气泡图、雷达图、极坐标图）。
• 多种输出格式：支持 JSON、MEDLINE 文本、完整 XML 和格式化引用（RIS、BibTeX、APA、MLA）。
• 批量处理：高效处理多个 PMID，并支持分页。

📦 安装指南

前提条件

• Node.js (>=18.0.0)
• npm（随 Node.js 提供）
• Docker（可选，用于容器化部署）
• NCBI API 密钥（建议用于更高的速率限制） - 在此获取

通过 npm 安装（推荐）

npm install @cyanheads/pubmed-mcp-server

从源代码安装

1. 克隆仓库：

git clone https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

2. 安装依赖：

npm install

3. 构建项目：

npm run build
# 或者
npm run rebuild

💻 使用示例

基础用法

搜索 PubMed 文章

# 示例代码，使用 search_pubmed_articles 工具搜索文章
# 假设已经安装并配置好服务器
# 这里只是示意调用方式，实际使用需根据环境调整
npx @cyanheads/pubmed-mcp-server search_pubmed_articles --queryTerm "biomedical research"

高级用法

生成研究计划

# 使用 pubmed_research_agent 工具生成结构化研究计划
npx @cyanheads/pubmed-mcp-server pubmed_research_agent --project_title_suggestion "New Biomedical Study" --primary_research_goal "Explore new treatment methods" --research_keywords "biomedicine, treatment"

工具使用示例

该服务器为生物医学文献研究提供了一套全面的工具，可通过模型上下文协议调用。

注意：所有工具都支持全面的错误处理，并返回结构化的 JSON 响应。

详细使用示例

全面的使用示例可在 examples/ 目录中找到：

• 搜索 PubMed 文章
• 获取文章内容
• 文章关联
• 研究规划
• 图表生成 - examples/generate_pubmed_chart/ 目录中提供了生成的图表示例（条形图、折线图、散点图、饼图、气泡图、雷达图、极坐标图）。

📚 详细文档

配置

环境变量

使用环境变量配置服务器。这些环境变量在 MCP 客户端配置/设置中设置（例如，Claude Desktop 的 claude_desktop_config.json）。

MCP 客户端设置

将以下内容添加到 MCP 客户端的配置文件中（例如，cline_mcp_settings.json）。此配置使用 npx 运行服务器，如果尚未安装该软件包，将自动进行安装：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["@cyanheads/pubmed-mcp-server"],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your_ncbi_api_key_here"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

项目结构

代码库在 src/ 目录下遵循模块化结构：

src/
├── index.ts              # 入口点：初始化并启动服务器
├── config/               # 配置加载（环境变量、包信息）
│   └── index.ts
├── mcp-server/           # 核心 MCP 服务器逻辑和功能注册
│   ├── server.ts         # 服务器设置、功能注册
│   ├── transports/       # 传输处理（stdio、http）
│   ├── resources/        # MCP 资源实现
│   └── tools/            # MCP 工具实现（每个工具一个子目录）
├── services/             # 外部服务集成
│   └── NCBI/             # NCBI E-utilities API 客户端和解析
├── types-global/         # 共享 TypeScript 类型定义
└── utils/                # 通用实用函数（日志记录器、错误处理程序等）

如需详细的文件树，请运行 npm run tree 或查看 docs/tree.md。

开发

构建和测试

# 构建项目（将 TypeScript 编译为 JavaScript 并生成可执行文件）
npm run build

# 使用 MCP 检查器工具在本地测试服务器（stdio 传输）
npm run inspector

# 使用 MCP 检查器工具在本地测试服务器（http 传输）
npm run inspector:http

# 清理构建产物
npm run clean

# 生成用于文档的文件树表示
npm run tree

# 清理构建产物并重新构建项目
npm run rebuild

# 使用 Prettier 格式化代码
npm run format

# 使用 stdio 启动服务器（默认）
npm start
# 或者明确指定
npm run start:stdio

# 使用 HTTP 传输启动服务器
npm run start:http

📄 许可证

本项目采用 Apache 许可证 2.0 版 - 详情请参阅 LICENSE 文件。