Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP Server

このサーバーは、Model Context Protocol (MCP) を理解するアプリケーション（MCPクライアント）が、PubMedの膨大な生物医学文献データベースと直接かつ効率的にやり取りできるようにするブリッジとして機能します。AIエージェントや研究ツールに、PubMedとのシームレスな統合機能を提供します。

🚀 クイックスタート

このサーバーは、AIにPubMedとやり取りするための専用ツールを提供します。以下に、主な機能とインストール方法を説明します。

✨ 主な機能

コアユーティリティ

mcp-ts-template が提供する堅牢なユーティリティを活用しています。

• ロギング：構造化された、設定可能なロギング（ファイルローテーション、stdout JSON、MCP通知）で、機密データのリダクションが可能です。
• エラーハンドリング：集中的なエラー処理、標準化されたエラータイプ (McpError)、自動ロギングが備わっています。
• 設定：環境変数の読み込み (dotenv) と包括的な検証機能があります。
• 入力検証/サニタイズ：zod を使用したスキーマ検証とカスタムサニタイズロジックがあります。
• リクエストコンテキスト：AsyncLocalStorage を使用した一意のリクエストIDによる操作の追跡と関連付けが可能です。
• 型安全性：TypeScriptとZodスキーマによって強力な型付けが保証されています。
• HTTPトランスポート：Hono を使用した高性能なHTTPサーバーで、セッション管理、ガベージコレクション、CORS、IPベースのレート制限が備わっています。
• 認証：JWTとOAuth 2.1をサポートする堅牢な認証レイヤーで、細かいスコープの強制が可能です。
• デプロイメント：ネイティブ依存関係をサポートする小さく安全な本番用イメージを作成するためのマルチステージ Dockerfile が用意されています。

PubMed統合

• NCBI E-utilities統合：ESearch、EFetch、ELink、ESummary APIへの包括的なアクセスと自動XMLパースが可能です。
• 高度な検索機能：日付範囲、出版物タイプ、著者フィルター、MeSH用語をサポートした複雑なクエリ構築ができます。
• 完全な論文メタデータ：要約、著者、所属、ジャーナル情報、DOI、引用データを含む完全な出版物データを取得できます。
• 引用ネットワーク分析：ELink統合により、関連論文、引用論文、参考文献リストを見つけることができます。
• 研究計画：自動化された文献検索戦略を含む構造化された研究計画を生成できます。
• データ可視化：出版物メタデータと検索結果からPNGチャートを生成できます。
• 複数の出力形式：JSON、MEDLINEテキスト、完全なXML、および整形された引用（RIS、BibTeX、APA、MLA）をサポートしています。
• バッチ処理：ページネーションをサポートした複数のPMIDの効率的な処理が可能です。

📦 インストール

前提条件

• Node.js (>=18.0.0)
• npm (Node.jsに付属)
• Docker (コンテナ化されたデプロイメント用、オプション)
• NCBI APIキー (より高いレート制限を得るために推奨) - ここで取得

npmを使用したインストール（推奨）

npm install @cyanheads/pubmed-mcp-server

ソースからのインストール

1. リポジトリをクローンします。

   git clone https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server.git
   cd pubmed-mcp-server
   

2. 依存関係をインストールします。

   npm install
   

3. プロジェクトをビルドします。

   npm run build
   # または
   npm run rebuild
   

🔧 設定

環境変数

サーバーの設定は、環境変数を使用して行います。これらの環境変数は、MCPクライアントの設定ファイル（例：Claude Desktopの場合は claude_desktop_config.json）内で設定します。

MCPクライアント設定

MCPクライアントの設定ファイル（例：cline_mcp_settings.json）に以下を追加します。この設定では、npx を使用してサーバーを実行し、パッケージがまだインストールされていない場合は自動的にインストールされます。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["@cyanheads/pubmed-mcp-server"],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your_ncbi_api_key_here"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📁 プロジェクト構造

コードベースは src/ ディレクトリ内でモジュール構造に従っています。

src/
├── index.ts              # エントリポイント: サーバーの初期化と起動
├── config/               # 設定の読み込み (環境変数、パッケージ情報)
│   └── index.ts
├── mcp-server/           # コアMCPサーバーロジックと機能登録
│   ├── server.ts         # サーバーのセットアップ、機能登録
│   ├── transports/       # トランスポートの処理 (stdio, http)
│   ├── resources/        # MCPリソースの実装
│   └── tools/            # MCPツールの実装 (ツールごとのサブディレクトリ)
├── services/             # 外部サービスの統合
│   └── NCBI/             # NCBI E-utilities APIクライアントとパース
├── types-global/         # 共有のTypeScript型定義
└── utils/                # 共通のユーティリティ関数 (ロガー、エラーハンドラーなど)

詳細なファイルツリーを表示するには、npm run tree を実行するか、docs/tree.md を参照してください。

💻 使用例

ツールの概要

このサーバーは、生物医学文献研究用の包括的なツールセットを提供しており、Model Context Protocolを介して呼び出すことができます。

注: すべてのツールは包括的なエラーハンドリングをサポートし、構造化されたJSONレスポンスを返します。

具体的な使用例

ディレクトリには、包括的な使用例が用意されています。

• PubMed論文の検索
• 論文内容の取得
• 論文の関連付け
• 研究計画の生成
• チャートの生成 - 生成されたチャートの例（棒グラフ、折れ線グラフ、散布図、円グラフ、ドーナツグラフ、バブルチャート、レーダーチャート、極座標チャート）は、examples/generate_pubmed_chart/ ディレクトリにあります。

🛠️ 開発

ビルドとテスト

# プロジェクトをビルドする (TSをJSにコンパイルしてdist/に出力し、実行可能にする)
npm run build

# MCPインスペクターツールを使用してローカルでサーバーをテストする (stdioトランスポート)
npm run inspector

# MCPインスペクターツールを使用してローカルでサーバーをテストする (httpトランスポート)
npm run inspector:http

# ビルドアーティファクトをクリーンアップする
npm run clean

# ドキュメント用のファイルツリー表現を生成する
npm run tree

# ビルドアーティファクトをクリーンアップしてからプロジェクトを再ビルドする
npm run rebuild

# Prettierでコードを整形する
npm run format

# stdioを使用してサーバーを起動する (デフォルト)
npm start
# または明示的に:
npm run start:stdio

# HTTPトランスポートを使用してサーバーを起動する
npm run start:http

📄 ライセンス

このプロジェクトは、Apache License 2.0の下でライセンスされています。詳細については、LICENSE ファイルを参照してください。