Pubmed MCP Server

🚀 PubMed MCP 服務器

PubMed MCP 服務器作為一座橋樑，讓理解模型上下文協議（MCP）的應用程序（MCP 客戶端），如先進的人工智能助手（大語言模型）、集成開發環境（IDE）擴展或自定義研究工具，能夠直接且高效地與 PubMed 龐大的生物醫學文獻數據庫進行交互。藉助該服務器，工具無需進行復雜的 API 集成或手動搜索，即可實現研究工作流程自動化、獲取研究見解、將 PubMed 集成到人工智能驅動的研究中以及可視化研究數據等功能。

項目徽章

🚀 快速開始

PubMed MCP 服務器允許理解模型上下文協議（MCP）的應用程序（如高級人工智能助手、IDE 擴展或自定義研究工具）直接與 PubMed 的生物醫學文獻數據庫進行交互。通過該服務器，你的工具可以：

• 自動化研究工作流程：自動搜索文獻、獲取完整文章元數據、跟蹤引用並生成研究計劃。
• 獲取研究見解：在不離開宿主應用程序的情況下，訪問詳細的出版物數據、作者信息、期刊詳情、醫學主題詞表（MeSH）術語和引用網絡。
• 將 PubMed 集成到人工智能驅動的研究中：使大語言模型能夠進行文獻綜述、分析研究趨勢並支持基於證據的決策。
• 可視化研究數據：根據出版物元數據和搜索結果生成圖表和可視化。

該服務器基於強大的 mcp-ts-template 構建，通過 MCP 標準提供了一種標準化、安全且高效的方式來使用 PubMed 功能。

✨ 主要特性

核心實用工具

• 日誌記錄：結構化、可配置的日誌記錄（文件輪轉、標準輸出 JSON、MCP 通知），並對敏感數據進行編輯。
• 錯誤處理：集中式錯誤處理、標準化錯誤類型（McpError）和自動日誌記錄。
• 配置管理：使用 dotenv 加載環境變量，並進行全面驗證。
• 輸入驗證/清理：使用 zod 進行模式驗證和自定義清理邏輯。
• 請求上下文：使用 AsyncLocalStorage 通過唯一請求 ID 跟蹤和關聯操作。
• 類型安全：由 TypeScript 和 Zod 模式強制執行強類型。
• HTTP 傳輸：使用 Hono 的高性能 HTTP 服務器，具有會話管理、垃圾回收、跨源資源共享（CORS）和基於 IP 的速率限制。
• 身份驗證：強大的身份驗證層，支持 JWT 和 OAuth 2.1，並進行細粒度的範圍強制。
• 部署：多階段 Dockerfile，用於創建支持原生依賴的小型安全生產鏡像。

PubMed 集成

• NCBI E-utilities 集成：全面訪問 ESearch、EFetch、ELink 和 ESummary API，並自動解析 XML。
• 高級搜索功能：支持複雜查詢構建，包括日期範圍、出版物類型、作者過濾器和 MeSH 術語。
• 完整文章元數據：檢索完整的出版物數據，包括摘要、作者、隸屬關係、期刊信息、數字對象標識符（DOI）和引用數據。
• 引用網絡分析：通過 ELink 集成查找相關文章、引用文章和參考文獻列表。
• 研究規劃：生成具有自動文獻搜索策略的結構化研究計劃。
• 數據可視化：根據出版物元數據生成 PNG 圖表（條形圖、折線圖、散點圖、餅圖、氣泡圖、雷達圖、極座標圖）。
• 多種輸出格式：支持 JSON、MEDLINE 文本、完整 XML 和格式化引用（RIS、BibTeX、APA、MLA）。
• 批量處理：高效處理多個 PMID，並支持分頁。

📦 安裝指南

前提條件

• Node.js (>=18.0.0)
• npm（隨 Node.js 提供）
• Docker（可選，用於容器化部署）
• NCBI API 密鑰（建議用於更高的速率限制） - 在此獲取

通過 npm 安裝（推薦）

npm install @cyanheads/pubmed-mcp-server

從源代碼安裝

1. 克隆倉庫：

git clone https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

2. 安裝依賴：

npm install

3. 構建項目：

npm run build
# 或者
npm run rebuild

💻 使用示例

基礎用法

搜索 PubMed 文章

# 示例代碼，使用 search_pubmed_articles 工具搜索文章
# 假設已經安裝並配置好服務器
# 這裡只是示意調用方式，實際使用需根據環境調整
npx @cyanheads/pubmed-mcp-server search_pubmed_articles --queryTerm "biomedical research"

高級用法

生成研究計劃

# 使用 pubmed_research_agent 工具生成結構化研究計劃
npx @cyanheads/pubmed-mcp-server pubmed_research_agent --project_title_suggestion "New Biomedical Study" --primary_research_goal "Explore new treatment methods" --research_keywords "biomedicine, treatment"

工具使用示例

該服務器為生物醫學文獻研究提供了一套全面的工具，可通過模型上下文協議調用。

注意：所有工具都支持全面的錯誤處理，並返回結構化的 JSON 響應。

詳細使用示例

全面的使用示例可在 examples/ 目錄中找到：

• 搜索 PubMed 文章
• 獲取文章內容
• 文章關聯
• 研究規劃
• 圖表生成 - examples/generate_pubmed_chart/ 目錄中提供了生成的圖表示例（條形圖、折線圖、散點圖、餅圖、氣泡圖、雷達圖、極座標圖）。

📚 詳細文檔

配置

環境變量

使用環境變量配置服務器。這些環境變量在 MCP 客戶端配置/設置中設置（例如，Claude Desktop 的 claude_desktop_config.json）。

MCP 客戶端設置

將以下內容添加到 MCP 客戶端的配置文件中（例如，cline_mcp_settings.json）。此配置使用 npx 運行服務器，如果尚未安裝該軟件包，將自動進行安裝：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["@cyanheads/pubmed-mcp-server"],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your_ncbi_api_key_here"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

項目結構

代碼庫在 src/ 目錄下遵循模塊化結構：

src/
├── index.ts              # 入口點：初始化並啟動服務器
├── config/               # 配置加載（環境變量、包信息）
│   └── index.ts
├── mcp-server/           # 核心 MCP 服務器邏輯和功能註冊
│   ├── server.ts         # 服務器設置、功能註冊
│   ├── transports/       # 傳輸處理（stdio、http）
│   ├── resources/        # MCP 資源實現
│   └── tools/            # MCP 工具實現（每個工具一個子目錄）
├── services/             # 外部服務集成
│   └── NCBI/             # NCBI E-utilities API 客戶端和解析
├── types-global/         # 共享 TypeScript 類型定義
└── utils/                # 通用實用函數（日誌記錄器、錯誤處理程序等）

如需詳細的文件樹，請運行 npm run tree 或查看 docs/tree.md。

開發

構建和測試

# 構建項目（將 TypeScript 編譯為 JavaScript 並生成可執行文件）
npm run build

# 使用 MCP 檢查器工具在本地測試服務器（stdio 傳輸）
npm run inspector

# 使用 MCP 檢查器工具在本地測試服務器（http 傳輸）
npm run inspector:http

# 清理構建產物
npm run clean

# 生成用於文檔的文件樹表示
npm run tree

# 清理構建產物並重新構建項目
npm run rebuild

# 使用 Prettier 格式化代碼
npm run format

# 使用 stdio 啟動服務器（默認）
npm start
# 或者明確指定
npm run start:stdio

# 使用 HTTP 傳輸啟動服務器
npm run start:http

📄 許可證

本項目採用 Apache 許可證 2.0 版 - 詳情請參閱 LICENSE 文件。