MCP Lammps

🚀 MCP LAMMPS服務器

這是一個模型上下文協議（MCP）服務器，它使AI助手能夠與LAMMPS（大規模原子/分子大規模並行模擬器）進行交互，以開展分子動力學模擬。

🚀 快速開始

狀態

本項目仍處於實驗階段，此軟件包是與AI編程助手合作開發的。

概述

此MCP是我們基於大語言模型（LLM）進行自主計算材料設計工作流程的一部分。該MCP服務器提供了一個標準化接口，可通過自然語言命令控制LAMMPS分子動力學模擬。它使AI助手能夠：

• 搭建並配置分子動力學模擬
• 運行平衡和生產模擬
• 即時監控模擬進度
• 分析模擬結果
• 管理模擬工作流程

✨ 主要特性

核心功能

• 模擬管理：創建、配置和運行LAMMPS模擬
• 結構處理：從多種格式加載分子結構
• 即時監控：跟蹤模擬進度和系統屬性
• 分析工具：處理軌跡並計算熱力學性質
• 工作流自動化：定義並執行多步模擬工作流程

📦 安裝指南

前提條件

• Python 3.9或更高版本
• 帶有Python接口的LAMMPS

快速上手

1. 克隆倉庫：

   git clone https://github.com/mcp-lammps/mcp-lammps.git
   cd mcp-lammps
   

2. 創建虛擬環境：

   python -m venv venv
   source venv/bin/activate  # 在Windows上：venv\Scripts\activate
   

3. 安裝依賴項：

   pip install -r requirements.txt
   

4. 以開發模式安裝：

   pip install -e .
   

💻 使用示例

基礎用法

啟動MCP服務器：

python -m mcp_lammps.server

配置

可以通過環境變量或配置文件對服務器進行配置：

export MCP_LAMMPS_LOG_LEVEL=INFO
export MCP_LAMMPS_WORK_DIR=/path/to/workspace
python -m mcp_lammps.server

示例提示

創建一個包含10個水分子的模擬，保存相關文件，在選定文件夾（examples）中以300 K的溫度在NVT系綜下運行模擬

📚 詳細文檔

項目結構

mcp_lammps/
├── src/mcp_lammps/
│   ├── server.py              # 主MCP服務器
│   ├── lammps_interface.py    # LAMMPS包裝器
│   ├── simulation_manager.py  # 模擬管理
│   ├── data_handler.py        # 數據處理
│   ├── tools/                 # MCP工具
│   └── utils/                 # 實用工具
├── tests/                     # 測試套件
├── examples/                  # 使用示例
└── docs/                      # 文檔

貢獻方式

1. 復刻倉庫
2. 創建功能分支
3. 進行更改
4. 為新功能添加測試
5. 確保所有測試通過
6. 提交拉取請求

📄 許可證

本項目採用Apache許可證 - 詳情請參閱LICENSE文件。

致謝

• 感謝LAMMPS開發團隊提供分子動力學引擎
• 感謝模型上下文協議社區提供MCP框架
• 感謝科學計算社區提供靈感和反饋
• 感謝大語言模型協助編寫代碼