Onekgp MCP

🚀 1000 Genomes Project dataset MCP Server

本項目可通過自然語言訪問託管於 Dnaerys variant store 的 1000 Genomes Project dataset。該數據集由 New York Genome Center 進行測序並與 GRCh38 進行比對，具有重要的科研價值。

🚀 快速開始

本項目提供對 1000 Genomes Project dataset 的自然語言訪問，數據託管於線上的 Dnaerys variant store。

✨ 主要特性

• 即時訪問：可即時訪問 3202 個樣本中的 138 044 724 個獨特變異和大約 4420 億個個體基因型。
• 多樣化選擇：支持基於座標、註釋、純合性進行變異、樣本和基因型選擇。
• 多維度過濾：可通過 VEP、ClinVar、gnomAD AF 和 AlphaMissense 註釋進行過濾，還能根據遺傳模型（新發、雜合顯性、純合隱性）進行篩選。

📦 安裝指南

項目可以通過 MCP 以 stdio 傳輸方式在本地運行，MCP 服務器可以作為 MCP 客戶端（如 Claude Desktop 或 Goose）的子進程啟動。

1. 構建項目並打包為單一 über-jar：
   • 生成的 jar 文件位於 target/onekgp-mcp-runner.jar，包含所有依賴項。

./mvnw clean
./mvnw package -DskipTests -Dquarkus.package.jar.type=uber-jar

2. 啟動項目：
   • 從 MCP 客戶端使用 jar 文件的完整路徑啟動（適用於 stdio 傳輸，默認配置），或者以可流式傳輸的 HTTP 傳輸方式作為單獨的服務運行（需要修改 配置文件）。
   • 項目運行時需要 JRE 21。

java -jar <full path>/onekgp-mcp-runner.jar

📝 使用 Claude Desktop 的配置

若要與 Claude Desktop 配合使用，需在 claude_desktop_config.json 中添加以下內容：

{
  "mcpServers": {
    "OneKGP": {
      "command": "java",
      "args": ["-jar", "/full/path/onekgp-mcp-runner.jar"]
    }
  }
}

✅ 驗證示例

可以通過詢問 “How many variants exist in 1000 Genome Project ?” 來驗證項目是否正常運行。

💻 使用示例

可以嘗試提出分析性或開放性問題，以充分發揮大語言模型的分析能力，例如：

基礎用法

識別 TTN 基因中已知致病等位基因的潛在修飾變異——那些與致病等位基因始終在同一單倍型塊中共現，並可能改變疾病嚴重程度或外顯率的變異。針對文獻中記錄的致病等位基因進行研究。使用健康個體的 KGP 數據集來尋找潛在的修飾變異。從 100kb 的“同一單倍型塊”定義開始，如有需要可進行擴展。評估找到的最佳修飾變異候選者的統計學意義。

結果可能如 此處 所示 (Sonnet 4.5)

高級用法

其他示例：

在 KGP 數據集中，哪些與心臟相關的基因（如離子通道）中，靠近催化殘基或配體結合口袋的變異與側翼殘基（±20 個氨基酸）相比顯示出強烈的缺失？

結果可能如 此處 所示 (Sonnet 4.5)

歡迎提交包含你喜歡的提示的 PR。

📚 詳細文檔

可用工具

30 種工具和參數的描述可在 此處 找到。

部署方式

遠程 MCP 服務可通過 Streamable HTTP 在線使用：

• http://db.dnaerys.org:80/mcp
• https://db.dnaerys.org:443/mcp

如需使用 stdio 傳輸方式進行本地構建，請參閱 以下詳細信息

🔧 技術細節

MCP 服務器實現為一個 Java EE 服務，通過 gRPC API 調用訪問在線託管的 1KGP 數據集 的公共 Dnaerys variant store 服務。

• 服務實現基於 Quarkus MCP Server
• 支持通過 Streamable HTTP、HTTP/SSE 和 STDIO 傳輸方式提供 MCP 服務。

📄 許可證

本項目採用 Apache License 2.0 許可協議，詳情請參閱 LICENSE 文件。