Onekgp MCP

🚀 1000 Genomes Project dataset MCP Server

本项目可通过自然语言访问托管于 Dnaerys variant store 的 1000 Genomes Project dataset。该数据集由 New York Genome Center 进行测序并与 GRCh38 进行比对，具有重要的科研价值。

🚀 快速开始

本项目提供对 1000 Genomes Project dataset 的自然语言访问，数据托管于线上的 Dnaerys variant store。

✨ 主要特性

• 实时访问：可实时访问 3202 个样本中的 138 044 724 个独特变异和大约 4420 亿个个体基因型。
• 多样化选择：支持基于坐标、注释、纯合性进行变异、样本和基因型选择。
• 多维度过滤：可通过 VEP、ClinVar、gnomAD AF 和 AlphaMissense 注释进行过滤，还能根据遗传模型（新发、杂合显性、纯合隐性）进行筛选。

📦 安装指南

项目可以通过 MCP 以 stdio 传输方式在本地运行，MCP 服务器可以作为 MCP 客户端（如 Claude Desktop 或 Goose）的子进程启动。

1. 构建项目并打包为单一 über-jar：
   • 生成的 jar 文件位于 target/onekgp-mcp-runner.jar，包含所有依赖项。

./mvnw clean
./mvnw package -DskipTests -Dquarkus.package.jar.type=uber-jar

2. 启动项目：
   • 从 MCP 客户端使用 jar 文件的完整路径启动（适用于 stdio 传输，默认配置），或者以可流式传输的 HTTP 传输方式作为单独的服务运行（需要修改 配置文件）。
   • 项目运行时需要 JRE 21。

java -jar <full path>/onekgp-mcp-runner.jar

📝 使用 Claude Desktop 的配置

若要与 Claude Desktop 配合使用，需在 claude_desktop_config.json 中添加以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "OneKGP": {
      "command": "java",
      "args": ["-jar", "/full/path/onekgp-mcp-runner.jar"]
    }
  }
}

✅ 验证示例

可以通过询问 “How many variants exist in 1000 Genome Project ?” 来验证项目是否正常运行。

💻 使用示例

可以尝试提出分析性或开放性问题，以充分发挥大语言模型的分析能力，例如：

基础用法

识别 TTN 基因中已知致病等位基因的潜在修饰变异——那些与致病等位基因始终在同一单倍型块中共现，并可能改变疾病严重程度或外显率的变异。针对文献中记录的致病等位基因进行研究。使用健康个体的 KGP 数据集来寻找潜在的修饰变异。从 100kb 的“同一单倍型块”定义开始，如有需要可进行扩展。评估找到的最佳修饰变异候选者的统计学意义。

结果可能如 此处 所示 (Sonnet 4.5)

高级用法

其他示例：

在 KGP 数据集中，哪些与心脏相关的基因（如离子通道）中，靠近催化残基或配体结合口袋的变异与侧翼残基（±20 个氨基酸）相比显示出强烈的缺失？

结果可能如 此处 所示 (Sonnet 4.5)

欢迎提交包含你喜欢的提示的 PR。

📚 详细文档

可用工具

30 种工具和参数的描述可在 此处 找到。

部署方式

远程 MCP 服务可通过 Streamable HTTP 在线使用：

• http://db.dnaerys.org:80/mcp
• https://db.dnaerys.org:443/mcp

如需使用 stdio 传输方式进行本地构建，请参阅 以下详细信息

🔧 技术细节

MCP 服务器实现为一个 Java EE 服务，通过 gRPC API 调用访问在线托管的 1KGP 数据集 的公共 Dnaerys variant store 服务。

• 服务实现基于 Quarkus MCP Server
• 支持通过 Streamable HTTP、HTTP/SSE 和 STDIO 传输方式提供 MCP 服务。

📄 许可证

本项目采用 Apache License 2.0 许可协议，详情请参阅 LICENSE 文件。