Molecule Visualization (ChimeraX, PyMOL)

🚀 Molecule - MCP

Molecule - MCP 是一個用於分子科學相關工具與Claude AI之間的模型上下文協議（Model Context Protocol, MCP）服務器。它將分子科學研究工具與Claude AI相連接，讓Claude能夠直接操控這些工具，成為科學家的得力合作伙伴，實現提示輔助分子建模。

🚀 快速開始

Molecule - MCP可使Claude AI與分子科學研究工具集成，實現提示輔助分子建模。

📦 安裝指南

⚠️ 重要提示

Molecule - MCP要求Claude Desktop已安裝並運行。

1. 打開Claude > 設置 > 開發者 > 編輯配置 > claude_desktop_config.json，添加以下內容：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/pymol_server.py"
      ]
    },
    "chimerax": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/ChimeraX_server.py"
      ]
    },
    "gromacs_copilot": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/mcp_server.py"
      ]
    }
  }
}

2. 安裝mcp並獲取腳本

pip install "mcp[cli]" chatmol
pip install git+https://github.com/ChatMol/gromacs_copilot.git # 可選，用於運行gromacs_copilot
which mcp

mcp的路徑將被顯示。複製該路徑並替換/path/to/mcp。

git clone https://github.com/ChatMol/molecule-mcp.git
cd molecule-mcp
pwd

分子 - MCP的路徑將被顯示。複製該路徑並替換/path/to/molecule-mcp。

📄 免責聲明

Molecule - MCP是“現狀”提供，不作任何形式的擔保，明示或暗示。作者和貢獻者放棄所有保證，包括但不限於對商品適用性和特定用途的隱含保證。用戶自行承擔使用此軟件的風險。

作者不對因使用、誤用或誤解此軟件或其輸出而產生的任何後果負責。通過Molecule - MCP獲得的結果應在研究、出版物或決策過程中獨立驗證。

本軟件僅用於研究和教育目的。用戶完全負責確保遵守其管轄區內的適用法律、法規和倫理標準。