GWAS Catalog MCP Server

🚀 GWAS 分析服務器 (MCP 服務器) 文檔

GWAS 分析服務器（MCP 服務器）為遺傳學研究者打造了強大的工具，可用於開展大規模的全基因組關聯研究（GWAS）分析。它通過整合 EBRL - EBI 的 GWAS 目錄 REST API 和 GWAS 總結統計數據 API，能高效分析多個單核苷酸多態性（SNP）與疾病表型之間的關係。

🚀 快速開始

MCP 服務器為遺傳學研究者提供了一個強大的工具箱，用於執行大規模的 GWAS（全基因組關聯研究）分析。通過整合 EBRL - EBI 的 GWAS 目錄 REST API 和 GWAS 總結統計數據 API，MCP 服務器能夠高效地處理多個 SNP（單核苷酸多態性）與疾病表型之間的關係分析。

✨ 主要特性

1. 獲取基因組區域的顯著關聯

   • 執行多 SNP 關聯測試 (MCP) 分析。
   • 支持任意大小的基因組區域輸入。
   • 自動排除低質量或未通過 QC 的 SNP。

2. GWAS 目錄數據查詢

   • 通過預存儲的 GWAS 數據進行關聯分析結果的快速檢索。

3. 總結統計數據 API 集成

   • 利用 EBRL - EBI 提供的 GWAS 總結統計數據執行二次分析。
   • 支持靈活的數據輸入格式，包括直接從文獻中提取的統計值。

4. 高級數據處理功能

   • 處理大規模 GWAS 數據時提供自動化的內存管理。
   • 自動保存和管理中間結果文件。

📦 安裝指南

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💻 使用示例

基礎用法

單 SNP 顯著性檢驗

curl -X POST http://mcp_server/api/single-snp-significance \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"snp_id":"rs123456", "phenotype":"disease", "api_key":"your_api_key"}'

響應示例

{
  "status": {
    "code": 0,
    "message": "Success"
  },
  "result": {
    "p_value": 0.001234,
    "q_value": 0.005678,
    "odds_ratio": 1.23
  }
}

高級用法

區域顯著性檢驗

curl -X POST http://mcp_server/api/region-significance \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"chromosome":"1", "start":10000, "end":20000, "api_key":"your_api_key"}'

轉錄因子富集分析

curl -X POST http://mcp_server/api/transcription-factor-enrichment \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"snp_id":"rs123456", "phenotype":"disease", "api_key":"your_api_key"}'

📚 詳細文檔

輸入參數說明

基本接口參數

所有 API 請求都需要包含以下公共參數：

功能接口參數

單 SNP 顯著性檢驗

curl -X POST http://mcp_server/api/single-snp-significance \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"snp_id":"rs123456", "phenotype":"disease"}'

區域顯著性檢驗

curl -X POST http://mcp_server/api/region-significance \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"chromosome":"1", "start":10000, "end":20000}'

轉錄因子富集分析

curl -X POST http://mcp_server/api/transcription-factor-enrichment \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"snp_id":"rs123456", "phenotype":"disease"}'

輸出格式

JSON 響應結構

所有 API 請求的響應都將返回以下統一的 JSON 格式：

{
  "status": {
    "code": integer,   // 狀態碼，0 表示成功
    "message": string   // 狀態描述信息
  },
  "result": {
    // 具體功能相關的分析結果
  }
}

結果字段說明

單 SNP 顯著性檢驗

{
  "p_value": float,       // 單側 p 值
  "q_value": float,       // 多重校正後的 q 值
  "odds_ratio": float     // 相對風險比
}

區域顯著性檢驗

{
  "region_scores": [
    {
      "position": integer,
      "score": float
    }
  ],
  "top_hit": {
    "position": integer,
    "p_value": float
  }
}

🔧 技術細節

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📄 許可證

文檔未提及許可證信息，此部分跳過。

⚠️ 重要提示

• 每個 API 密鑰每天最多允許 100 次調用。
• 對於高頻率使用用戶，建議升級至付費版服務。
• 所有 SNP ID 必須符合 dbSNP 格式規範。
• 自動保存的中間結果文件默認保留 7 天，超過期限後將被自動刪除。如需長期保存，請及時下載結果文件。

💡 使用建議

• 建議提前進行 QC 處理以提高分析效率。
• 推薦在處理大規模數據時將 memory_limit 參數設置為可用內存的 80%。因為內存使用過載可能導致分析過程中斷，所以建議合理分配資源。
• 系統自動捕獲和記錄所有運行時錯誤信息，可通過日誌查詢具體錯誤原因和解決建議。

📞 聯繫方式

如需獲取更多技術支持或反饋問題，請聯繫：support@mcp-server.com