Bio Agents MCP

🚀 生物代理 MCP 項目

生物代理 MCP 項目是一個由微服務和客戶端組成的集合，旨在通過自然語言與生物數據庫進行交互，為生物數據查詢提供了便捷的途徑。

🚀 快速開始

1. 配置環境：

cp .env.example .env

2. 啟動服務：

make build
make up

3. 啟動網絡界面：

make run-chainlit

訪問 http://localhost:8000 即可開始查詢生物數據。

✨ 主要特性

• 多組件協作：由 LLM 客戶端、PDB MCP 服務器和 ChEMBL MCP 服務器等組件構成，實現不同功能。
• 自然語言交互：提供帶有網絡界面和終端模式的自然語言接口，方便用戶操作。
• 模塊化設計：各個模塊可獨立運行，也可通過 Docker Compose 一起運行。

📦 安裝指南

配置環境

cp .env.example .env

啟動服務

make build
make up

啟動網絡界面

make run-chainlit

💻 使用示例

基礎用法

按照上述安裝指南完成配置和啟動後，訪問 http://localhost:8000 即可開始查詢生物數據。

📚 詳細文檔

組件介紹

• LLM 客戶端：帶有網絡界面和終端模式的自然語言接口。
• PDB MCP 服務器：蛋白數據銀行 API 服務。
• ChEMBL MCP 服務器：化學數據庫 API 服務。

架構

┌─────────────┐     ┌──────────────┐
│   LLM 界面    │     │ Ollama 大語言模型  │
│ (Chainlit)    │     │              │
└─────┬───────┘     └───────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│           LLM 客戶端             │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴───────┐     ┌──────┴───────┐
│  PDB MCP    │     │ ChEMBL MCP  │
│   服務器    │     │    服務器    │
└─────────────┘     └──────────────┘

開發相關

• 使用 make help 查看可用命令。
• 每個服務都有自己的 README 文件，包含詳細文檔。
• 配置文件位於 conf/ 目錄中。

模塊詳情

LLM 客戶端

llm-client 模塊提供一個客戶端，用於與大語言模型服務器交互，處理查詢並利用可用工具。它使用 FastMCP 框架構建，並支持異步操作（使用 aiohttp）。瞭解更多，請參閱 LLM 客戶端 README。

蛋白數據銀行

protein_data_bank_mcp 模塊提供一個服務器，用於與蛋白數據銀行 (PDB) API 交互，獲取結構裝配描述、化學成分、drugbank 註釋、分支實體、非聚合實體、聚合實體、uniprot 註釋、結構、pubmed 註釋、pdb 聚類數據聚合、聚類組來源、pdb 聚類數據聚合方法以及成對多聚體界面描述。它使用 FastMCP 框架構建，並支持異步操作（使用 aiohttp）。瞭解更多，請參閱 蛋白數據銀行 README。

Docker 相關

為每個模塊提供了 Dockerfile 用於構建 Docker 鏡像。

• 構建 Docker 鏡像：

docker build -t <模塊名稱> .

• 運行 Docker 容器：

docker run --env-file .env <模塊名稱>

Docker Compose 相關

提供了一個 docker-compose.yml 文件用於一起運行所有服務。

• 啟動所有服務：

docker-compose up -d

• 停止所有服務：

docker-compose down

Makefile 相關

提供一個 Makefile 簡化常見任務。

• 可用目標：
  • setup-env：設置初始環境。
  • build：構建所有 Docker 鏡像。
  • up：啟動所有服務。
  • down：停止所有服務。

🔧 技術細節

此項目包含多個模塊，使用 FastMCP 框架與各種服務和 API 進行交互。每個模塊都可以獨立運行或通過 Docker Compose 一起運行。該項目的主要關注點是生物代理，提供與生物數據源（如蛋白數據銀行 PDB）交互的工具和服務。