Bio Agents MCP

🚀 生物代理 MCP 项目

本项目是一个由微服务和客户端组成的集合，借助自然语言实现与生物数据库的交互，为生物数据查询提供了便捷的途径。

🚀 快速开始

1. 配置环境：

cp .env.example .env

2. 启动服务：

make build
make up

3. 启动网络界面：

make run-chainlit

访问 http://localhost:8000 即可开始查询生物数据。

✨ 主要特性

• 多组件协作：项目由 LLM 客户端、PDB MCP 服务器和 ChEMBL MCP 服务器等组件构成，各组件分工明确，协同工作。
• 自然语言交互：LLM 客户端提供自然语言接口，支持通过网络界面和终端模式进行操作，方便用户使用。
• 多数据源支持：支持与蛋白数据银行 PDB 和化学数据库等多种生物数据源进行交互。

📦 安装指南

配置环境

cp .env.example .env

启动服务

make build
make up

启动网络界面

make run-chainlit

💻 使用示例

基础用法

完成上述安装步骤后，访问 http://localhost:8000 ，在网络界面输入自然语言查询语句，即可开始查询生物数据。

📚 详细文档

开发

• 使用 make help 查看可用命令。
• 每个服务都有自己的 README 文件，包含详细文档。
• 配置文件位于 conf/ 目录中。

模块说明

LLM 客户端

llm-client 模块提供一个客户端，用于与大语言模型服务器交互，处理查询并利用可用工具。它使用 FastMCP 框架构建，并支持异步操作（使用 aiohttp）。了解更多，请参阅 LLM 客户端 README。

蛋白数据银行

protein_data_bank_mcp 模块提供一个服务器，用于与蛋白数据银行 (PDB) API 交互，获取结构装配描述、化学成分、drugbank 注释、分支实体、非聚合实体、聚合实体、uniprot 注释、结构、pubmed 注释、pdb 聚类数据聚合、聚类组来源、pdb 聚类数据聚合方法以及成对多聚体界面描述。它使用 FastMCP 框架构建，并支持异步操作（使用 aiohttp）。了解更多，请参阅 蛋白数据银行 README。

Docker 相关

构建 Docker 镜像

docker build -t <模块名称> .

运行 Docker 容器

docker run --env-file .env <模块名称>

Docker Compose 相关

启动所有服务

docker-compose up -d

停止所有服务

docker-compose down

Makefile 相关

提供一个 Makefile 简化常见任务。

• 可用目标：
  • setup-env：设置初始环境。
  • build：构建所有 Docker 镜像。
  • up：启动所有服务。
  • down：停止所有服务。

🔧 技术细节

此项目包含多个模块，使用 FastMCP 框架与各种服务和 API 进行交互。每个模块都可以独立运行或通过 Docker Compose 一起运行。该项目的主要关注点是生物代理，提供与生物数据源（如蛋白数据银行 PDB）交互的工具和服务。llm-client 模块使用 FastMCP 框架构建，并支持异步操作（使用 aiohttp），能够高效地与大语言模型服务器交互，处理查询并利用可用工具。protein_data_bank_mcp 模块同样使用 FastMCP 框架，支持异步操作，可与蛋白数据银行 (PDB) API 交互，获取丰富的生物数据。

架构

┌─────────────┐     ┌──────────────┐
│   LLM 界面    │     │ Ollama 大语言模型  │
│ (Chainlit)    │     │              │
└─────┬───────┘     └───────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│           LLM 客户端             │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴───────┐     ┌──────┴───────┐
│  PDB MCP    │     │ ChEMBL MCP  │
│   服务器    │     │    服务器    │
└─────────────┘     └──────────────┘