Bio Agents MCP

🚀 生物代理 MCP プロジェクト

このプロジェクトは、自然言語を用いて生物学的データベースとやり取りするための、マイクロサービスとクライアントから構成される集合体です。

✨ 主な機能

• LLM クライアント：Web インターフェースとターミナルモードを備えた自然言語インターフェースです。
• PDB MCP サーバー：蛋白質データバンク API サービスを提供します。
• ChEMBL MCP サーバー：化学データベース API サービスを提供します。

📚 ドキュメント

アーキテクチャ

┌─────────────┐     ┌──────────────┐
│   LLM 界面    │     │ Ollama 大言語モデル  │
│ (Chainlit)    │     │              │
└─────┬───────┘     └───────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│           LLM クライアント             │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴───────┐     ┌──────┴───────┐
│  PDB MCP    │     │ ChEMBL MCP  │
│   サーバー    │     │    サーバー    │
└─────────────┘     └──────────────┘

説明

このプロジェクトは複数のモジュールを含み、FastMCP フレームワークを使用して様々なサービスや API とやり取りします。各モジュールは独立して実行することも、Docker Compose を使用して一括で実行することもできます。このプロジェクトの主な焦点は生物エージェントであり、蛋白質データバンク PDB などの生物学的データソースとやり取りするためのツールやサービスを提供します。

モジュール

LLM クライアント

llm-client モジュールは、大言語モデルサーバーとやり取りするためのクライアントを提供し、クエリを処理し、利用可能なツールを活用します。FastMCP フレームワークを使用して構築されており、非同期操作（aiohttp を使用）をサポートしています。 詳細については、LLM クライアント README を参照してください。

蛋白質データバンク

protein_data_bank_mcp モジュールは、蛋白質データバンク (PDB) API とやり取りするためのサーバーを提供し、構造アセンブリの説明、化学成分、drugbank 注釈、分岐実体、非重合実体、重合実体、uniprot 注釈、構造、pubmed 注釈、pdb クラスタリングデータの集約、クラスターグループのソース、pdb クラスタリングデータの集約方法、およびペアワイズ多量体界面の説明を取得します。FastMCP フレームワークを使用して構築されており、非同期操作（aiohttp を使用）をサポートしています。 詳細については、蛋白質データバンク README を参照してください。

📦 インストール

クイックスタート

1. 環境を設定します：

cp .env.example .env

2. サービスを起動します：

make build
make up

3. Web インターフェースを起動します：

make run-chainlit

http://localhost:8000 にアクセスして、生物学的データのクエリを開始します。

開発

• make help を使用して、利用可能なコマンドを表示します。
• 各サービスには、詳細なドキュメントが含まれた README ファイルがあります。
• 設定ファイルは conf/ ディレクトリにあります。

Docker

各モジュールには、Docker イメージをビルドするための Dockerfile が用意されています。

• Docker イメージをビルドする：

  docker build -t <モジュール名> .
  

• Docker コンテナを実行する：

  docker run --env-file .env <モジュール名>
  

Docker Compose

すべてのサービスを一括で実行するための docker-compose.yml ファイルが提供されています。

• すべてのサービスを起動する：

  docker-compose up -d
  

• すべてのサービスを停止する：

  docker-compose down
  

Makefile

一般的なタスクを簡素化するための Makefile が提供されています。

• 利用可能なターゲット：
  • setup-env：初期環境を設定します。
  • build：すべての Docker イメージをビルドします。
  • up：すべてのサービスを起動します。
  • down：すべてのサービスを停止します。