Spokeagent

🚀 SPOKEAgent

SPOKEAgent 是一个 MCP（模型上下文协议）服务器，用于查询 SPOKE 生物医学知识图谱，以实现快速的生物医学知识推理。

🚀 快速开始

SPOKEAgent 可帮助你便捷地查询 SPOKE 生物医学知识图谱。你可以按照以下步骤进行安装和使用。

✨ 主要特性

• 查询 SPOKE 知识图谱：在 SPOKE 生物医学知识图谱上执行 Cypher 查询。
• 获取 SPOKE 模式：检索 SPOKE 知识图谱的完整模式，包括节点、关系和属性。
• 预配置访问：所有 SPOKE 连接参数均已预配置，无需额外设置！

📦 安装指南

从 GitHub 安装（使用 uvx）

uvx --from git+https://github.com/Broccolito/SPOKEAgent spokeagent

本地安装

cd SPOKEAgent
pip install -e .

💻 使用示例

作为 MCP 服务器

将以下内容添加到你的 MCP 客户端配置中（例如，Claude Desktop）：

{
  "mcpServers": {
    "spokeagent": {
      "command": "uvx",
      "args": ["--from", "git+https://github.com/Broccolito/SPOKEAgent", "spokeagent"]
    }
  }
}

直接使用命令行

spokeagent

📚 详细文档

配置

所有 SPOKE 连接参数均已预配置：

• URI：bolt://spokedev.cgl.ucsf.edu:7687
• 用户名：neo4j
• 密码：SPOKEdev
• 数据库：spoke 无需额外配置！

可选环境变量：

• SPOKE_LOG_LEVEL：设置日志级别（DEBUG、INFO、WARNING、ERROR），默认为 INFO

可用工具

1. query_spoke

在 SPOKE 生物医学知识图谱上执行只读 Cypher 查询。

参数：

• cypher_query（字符串，必需）：用于生物医学知识推理的 Cypher 查询。
• parameters（字典，可选）：传递给 SPOKE 查询的参数。

示例：

MATCH (d:Disease)-[r:ASSOCIATES_DaG]->(g:Gene)
WHERE d.name = "Alzheimer's disease"
RETURN g.name, r.score
LIMIT 10

2. get_spoke_schema

列出 SPOKE 生物医学知识图谱中的所有节点、其属性和关系。

返回： 包括节点类型、属性和关系的完整模式。

安全

此服务器对 SPOKE 知识图谱实施只读访问。不允许进行写操作（CREATE、MERGE、DELETE 等）。

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证。

👥 作者

• Wanjun Gu (wanjun.gu@ucsf.edu)
• Gianmarco Bellucci (gianmarco.bellucci@ucsf.edu)

ℹ️ 关于 SPOKE

SPOKE（可扩展的精准医学导向知识引擎）是一个大规模的生物医学知识图谱，它整合了来自多个来源的数据，以支持精准医学研究。