Spokeagent

🚀 SPOKEAgent

SPOKE生物医学知識グラフをクエリして迅速な生物医学知識推論を行うためのMCP（Model Context Protocol）サーバーです。

✨ 主な機能

• SPOKE知識グラフのクエリ：SPOKE生物医学知識グラフに対してCypherクエリを実行します。
• SPOKEスキーマの取得：ノード、関係、プロパティを含むSPOKE知識グラフの完全なスキーマを取得します。
• 事前設定済みのアクセス：すべてのSPOKE接続パラメータが事前に設定されており、セットアップは不要です！

📦 インストール

GitHubからのインストール（uvxを使用）

uvx --from git+https://github.com/Broccolito/SPOKEAgent spokeagent

ローカルインストール

cd SPOKEAgent
pip install -e .

💻 使用例

MCPサーバーとしての使用

MCPクライアントの設定（例：Claude Desktop）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "spokeagent": {
      "command": "uvx",
      "args": ["--from", "git+https://github.com/Broccolito/SPOKEAgent", "spokeagent"]
    }
  }
}

直接コマンドラインで使用

spokeagent

📚 詳細ドキュメント

すべてのSPOKE接続パラメータは事前に設定されています。

• URI：bolt://spokedev.cgl.ucsf.edu:7687
• ユーザー名：neo4j
• パスワード：SPOKEdev
• データベース：spoke

追加の設定は必要ありません！

オプションの環境変数：

• SPOKE_LOG_LEVEL：ログレベル（DEBUG、INFO、WARNING、ERROR）を設定します。デフォルトはINFOです。

利用可能なツール

1. query_spoke

SPOKE生物医学知識グラフに対して読み取り専用のCypherクエリを実行します。

パラメータ：

• cypher_query（文字列、必須）：生物医学知識推論のためのCypherクエリ
• parameters（辞書、オプション）：SPOKEクエリに渡すパラメータ

例：

MATCH (d:Disease)-[r:ASSOCIATES_DaG]->(g:Gene)
WHERE d.name = "Alzheimer's disease"
RETURN g.name, r.score
LIMIT 10

2. get_spoke_schema

SPOKE生物医学知識グラフ内のすべてのノード、その属性、およびそれらの関係をリストします。

返り値：ノードタイプ、プロパティ、および関係を含む完全なスキーマ。

🔒 セキュリティ

このサーバーは、SPOKE知識グラフへの読み取り専用アクセスを強制します。書き込み操作（CREATE、MERGE、DELETEなど）は許可されていません。

📄 ライセンス

MIT

👥 作成者

• Wanjun Gu (wanjun.gu@ucsf.edu)
• Gianmarco Bellucci (gianmarco.bellucci@ucsf.edu)

SPOKEについて

SPOKE（Scalable Precision medicine Oriented Knowledge Engine）は、精密医療研究をサポートするために複数のソースからのデータを統合した大規模な生物医学知識グラフです。