Spokeagent

🚀 SPOKEAgent

SPOKEAgent 是一個 MCP（模型上下文協議）服務器，用於查詢 SPOKE 生物醫學知識圖譜，以實現快速的生物醫學知識推理。

🚀 快速開始

SPOKEAgent 可幫助你便捷地查詢 SPOKE 生物醫學知識圖譜。你可以按照以下步驟進行安裝和使用。

✨ 主要特性

• 查詢 SPOKE 知識圖譜：在 SPOKE 生物醫學知識圖譜上執行 Cypher 查詢。
• 獲取 SPOKE 模式：檢索 SPOKE 知識圖譜的完整模式，包括節點、關係和屬性。
• 預配置訪問：所有 SPOKE 連接參數均已預配置，無需額外設置！

📦 安裝指南

從 GitHub 安裝（使用 uvx）

uvx --from git+https://github.com/Broccolito/SPOKEAgent spokeagent

本地安裝

cd SPOKEAgent
pip install -e .

💻 使用示例

作為 MCP 服務器

將以下內容添加到你的 MCP 客戶端配置中（例如，Claude Desktop）：

{
  "mcpServers": {
    "spokeagent": {
      "command": "uvx",
      "args": ["--from", "git+https://github.com/Broccolito/SPOKEAgent", "spokeagent"]
    }
  }
}

直接使用命令行

spokeagent

📚 詳細文檔

配置

所有 SPOKE 連接參數均已預配置：

• URI：bolt://spokedev.cgl.ucsf.edu:7687
• 用戶名：neo4j
• 密碼：SPOKEdev
• 數據庫：spoke 無需額外配置！

可選環境變量：

• SPOKE_LOG_LEVEL：設置日誌級別（DEBUG、INFO、WARNING、ERROR），默認為 INFO

可用工具

1. query_spoke

在 SPOKE 生物醫學知識圖譜上執行只讀 Cypher 查詢。

參數：

• cypher_query（字符串，必需）：用於生物醫學知識推理的 Cypher 查詢。
• parameters（字典，可選）：傳遞給 SPOKE 查詢的參數。

示例：

MATCH (d:Disease)-[r:ASSOCIATES_DaG]->(g:Gene)
WHERE d.name = "Alzheimer's disease"
RETURN g.name, r.score
LIMIT 10

2. get_spoke_schema

列出 SPOKE 生物醫學知識圖譜中的所有節點、其屬性和關係。

返回： 包括節點類型、屬性和關係的完整模式。

安全

此服務器對 SPOKE 知識圖譜實施只讀訪問。不允許進行寫操作（CREATE、MERGE、DELETE 等）。

📄 許可證

本項目採用 MIT 許可證。

👥 作者

• Wanjun Gu (wanjun.gu@ucsf.edu)
• Gianmarco Bellucci (gianmarco.bellucci@ucsf.edu)

ℹ️ 關於 SPOKE

SPOKE（可擴展的精準醫學導向知識引擎）是一個大規模的生物醫學知識圖譜，它整合了來自多個來源的數據，以支持精準醫學研究。